永淳元年，公元682年春季二月，朝廷在蓝田建造万泉宫。癸未日，朝廷更改年号，大赦天下。
戊午日，朝廷册立皇孙李重照为皇太孙。高宗打算让他开府设置属官，便询问吏部郎中王方庆的意见。王方庆回答说：“晋朝与南齐都曾册立过太孙，当时太子的官属就兼任太孙的官属，没听说过太子还在东宫却另外为太孙设置官属的情况。”高宗说：“由我开创先例，行不行呢？”王方庆答道：“夏、商、周三代的礼仪互不沿袭，有什么不可以的！”于是王方庆上奏请求设置太孙师傅等官职。不久高宗又疑心这么做不符合旧有法度，最终没有补授相关官员。王方庆是王裒的曾孙，本名王綝，通常以字行世。
高宗因关中地区发生饥荒，米价涨到每斗三百钱，准备前往东都洛阳；丙寅日，高宗从京城长安出发，留下太子监理国政，让刘仁轨、裴炎、薛元超辅佐他。当时出行仓促，随从的士兵有在半路饿死的。高宗担心沿途多有盗贼，便派监察御史魏元忠负责巡查车驾前后的安全。魏元忠接受诏令后，立刻去查看长安赤县的监狱，在狱中找到一名盗贼，此人神态言语与常人不同，魏元忠下令解除他的刑具，让他换上衣帽，乘坐驿车跟随自己，还和他同吃同住，把查捕盗贼的事托付给他，这人笑着答应了。等抵达东都洛阳时，随行的兵马数以万计，却没丢失一文钱。
辛未日，朝廷任命礼部尚书闻喜宪公裴行俭为金牙道行军大总管，率领右金吾将军阎怀旦等三位总管分道征讨西突厥。大军还没出发，裴行俭就去世了。
裴行俭有识别人才的眼光。当初他担任吏部侍郎时，前进士王勮、咸阳县尉栾城人苏味道都还没有名气。裴行俭一见到他们，就说：“你们二位日后会相继担任掌管铨选官吏的职务，我有几个年幼的子女，希望托付给你们关照。”当时王勮的弟弟王勃与华阴人杨炯、范阳人卢照邻、义乌人骆宾王都因文章享有盛名，司列少常伯李敬玄尤其器重他们，认为他们日后必定显贵通达。裴行俭却说：“士人想要成就远大的功业，应当先具备器量见识，之后再谈文才技艺。王勃等人虽然有文采才华，但性情浮躁、见识浅薄，哪里是能享受官爵俸禄的人呢！杨炯稍微沉稳持重一些，应该能做到县令、县长一级的官职；其余几人能善终就算幸运了。”后来王勃渡海时落水身亡，杨炯最终死于盈川县令任上，卢照邻因患难治的疾病，投水自尽，骆宾王因参与谋反被诛杀，王勮、苏味道都担任了掌管铨选的官职，正像裴行俭所预料的那样。裴行俭担任将帅时，所提拔的副将如程务挺、张虔勖、王方翼、刘敬同、李多祚、黑齿常之等人，后来大多成为了名将。
裴行俭曾让身边的人去取犀角、麝香，结果这些东西丢失了。又有一次，皇帝下令赏赐他马匹和马鞍，管理文书的令史驾驭马奔跑时，马摔倒了，马鞍也摔破了。这两个人都吓得逃走了，裴行俭派人把他们召回，对他们说：“你们都是无心之失，何必如此过分地轻视自己呢！”之后仍像从前一样对待他们。裴行俭击败阿史那都支时，缴获了一个直径二尺多的玛瑙盘，他拿出来给将士们观赏，军吏王休烈手捧玛瑙盘上台阶时，不慎摔倒，盘子摔得粉碎，王休烈十分惶恐，跪地磕头直到流血。裴行俭笑着说：“你不是故意的，何至于这样！”脸上没有丝毫惋惜的神色。朝廷下诏赏赐他从阿史那都支等人那里缴获的三千多件金银器物以及数量相当的各种牲畜，裴行俭把这些东西全部分给了亲戚朋友和手下的将领，几天之内就分完了。
阿史那车薄率军包围弓月城，安西都护王方翼率领军队前去救援，在伊丽水击败了叛军，斩杀一千多人。不久，三姓咽面部落与车薄合兵抵抗王方翼，王方翼与他们在热海交战，一支流箭射穿了他的手臂，王方翼用佩刀砍断箭杆，身边的人都没有察觉。王方翼所率领的胡人士兵密谋生擒他来响应车薄，王方翼得知后，把他们全部召集起来商议事情，假装拿出军用物资赏赐他们，然后将他们分批带出帐外斩首。当时正赶上刮大风，王方翼擂响金鼓来掩盖斩杀的声响，一共杀了七十多人，他们的同党都没有发觉。随后王方翼分别派遣副将袭击车薄和咽面部落，大败敌军，生擒他们的酋长三百人，西突厥叛乱于是被平定。阎怀旦等人最终没有出兵。不久王方翼调任夏州都督，被征召入朝商议边境事务。高宗看到他衣服上的血迹，便询问缘由，王方翼详细禀报了热海苦战的情况，高宗看着他的伤口叹息不已；但最终因为王方翼是被废黜的王皇后的近亲，朝廷没有重用他，让他返回了夏州。
丁亥日，朝廷任命黄门侍郎颍川人郭待举、兵部侍郎岑长倩、秘书员外少监兼检校中书侍郎鼓城人郭正一、吏部侍郎鼓城人魏玄同，都以同中书门下平章事的身份参与朝政。高宗想要任用郭待举等人，对崔知温说：“郭待举等人资历还比较浅，暂且让他们参与朝政事务，不能和你们一样使用同一名号。”从此，宫外官署四品以下参与朝政的官员，开始用“平章事”来命名。岑长倩是岑文本哥哥的儿子。
在此之前，魏玄同担任吏部侍郎时，上奏论述铨选官吏的弊端，他认为：“君主治理国家，应当委任贤能的人并要求他们成就功业，所委任的人得当，那么被任用的人自然就会精干。所以周穆王任命伯冏为太仆正时，说‘慎重挑选你的属官’。这是让各个部门的官员自行寻找下属小官，而天子只任命重要的官员。到了汉代，选拔的人才都是先由州县任用，再经三公府征召举荐，之后才提拔到朝廷任职；自从魏、晋以来，才开始专门委托吏部负责铨选官吏。天下如此之大，士人如此之多，却把铨选的权力交给几个人，依靠文书案卷来衡量才能，根据簿册记载来考察品行，即便这些人公平得像秤、清明得像镜子，其力量也有穷尽的时候，眼光也有局限的地方，更何况所委任的人不称职，还会出现愚昧昏庸、徇私枉法的弊端呢！希望朝廷大致依照周代、汉代的制度，来弥补魏、晋以来的过失。”奏疏呈上后，高宗没有采纳。
五月，丙午日，东都洛阳降下连绵大雨。乙卯日，洛水泛滥，淹没了一千多家百姓的房屋。关中地区先是遭遇水灾，接着又发生旱灾、蝗灾，随后又爆发瘟疫，米价涨到每斗四百钱，长安和洛阳两京之间的道路上，饿死的人相互枕藉，甚至出现了人吃人的现象。
高宗在泰山封禅之后，想要遍封五岳，秋季，七月，在嵩山南面建造奉天宫。监察御史里行李善感进谏说：“陛下在泰山封禅，禀告天下太平，招来各种祥瑞，功业可与三皇、五帝相媲美。近几年以来，粮食歉收，饿死的人随处可见，四方异族接连入侵，军队连年出征；陛下应当恭敬静默，思考治国之道来消除灾祸，却反而大规模营建宫殿，劳役不断，天下百姓无不感到失望。臣愧任国家的监察官员，私下为此感到忧虑！”高宗虽然没有采纳他的意见，但也宽容了他。自从褚遂良、韩瑗死后，朝廷内外的官员都把进言视为忌讳，没有人敢违背皇帝的意愿直言劝谏，这种情况持续了将近二十年；等到李善感开始进谏，天下人都为之欣喜，称这件事为“凤鸣朝阳”。
高宗派遣宦官沿着长江运送奇异的竹子，想要种植在皇家园林中。宦官们征用船只运载竹子，在所到之处肆意横行、暴虐百姓；路过荆州时，荆州长史苏良嗣将他们囚禁起来，并上奏直言劝谏，认为：“为了获取远方的奇异物品，烦扰沿途的百姓，恐怕不符合圣贤君主爱护百姓的本意。况且，小人趁机玩弄权势、作威作福，会损害皇帝的圣明。”高宗对天后武则天说：“是我约束不严，果然被苏良嗣责怪了。”于是亲手写下诏书慰问苏良嗣，下令把竹子丢弃到长江里。苏良嗣是苏世长的儿子。
黔州都督谢佑迎合天后武则天的旨意，逼迫零陵王李明自杀，高宗对此深感痛惜，黔州都督府的下属官员都因此被牵连免职。后来谢佑在平阁中睡觉，与十几个婢妾共处一室，夜里，他的脑袋不见了。垂拱年间，李明的儿子零陵王李俊、黎国公李杰被武则天杀害，官府查抄他们的家产时，找到了谢佑的头颅，这头颅被涂上油漆做成了便溺的器具，上面还题写着“谢佑”二字，人们这才知道是李明的儿子派刺客取走了他的首级。
太子留守京城长安期间，常常外出打猎，薛元超上奏劝谏；高宗得知后，派遣使者慰劳薛元超，还征召他前往东都洛阳。
吐蕃将领论钦陵率军侵犯柘州、松州、翼州等地。朝廷下诏命令左骁卫郎将李孝逸、右卫郎将卫蒲山征调秦州、渭州等地的兵力分道抵御吐蕃军队。
冬季，十月，丙寅日，黄门侍郎刘景先被任命为同中书门下平章事。
这一年，突厥残部阿史那骨笃禄、阿史德元珍等人招集散兵游勇，占据黑沙城反叛，入侵并州和单于都护府的北部边境，杀死岚州刺史王德茂。右领军卫将军、检校代州都督薛仁贵率领军队在云州攻打阿史德元珍，突厥人询问唐朝大将是谁，唐军士兵回答说：“是薛仁贵！”突厥人说：“我们听说薛仁贵被贬到象州，早就死了，你怎么敢欺骗我们！”薛仁贵脱下头盔露出脸来，突厥人相互对视，大惊失色，纷纷下马列队跪拜，随后渐渐退兵离去。薛仁贵趁机率军奋勇进攻，大败突厥军队，斩杀一万多人，俘获两万多人。
吐蕃军队入侵河源军，河源军军使娄师德率领军队在白水涧迎战吐蕃军，八战八捷。高宗任命娄师德为比部员外郎、左骁卫郎将、河源军经略副使，说：“你具备文武双全的才能，不要推辞！”
弘道元年，公元683年春季二月庚午日，突厥军队侵犯定州，定州刺史霍王李元轨率军击退了他们。乙亥日，突厥军队又侵犯妫州。三月，庚寅日，阿史那骨笃禄、阿史德元珍率军包围单于都护府，生擒司马张行师并将他杀害。朝廷派遣胜州都督王本立、夏州都督李崇义率领军队分道援救单于都护府。
太子右庶子、同中书门下三品李义琰为父母改葬，让他的舅舅家迁移祖坟；高宗得知后，大怒说：“李义琰依仗权势，竟然欺凌他的舅舅家，不能再让他参与朝政了！”李义琰听到这话后，内心十分不安，以脚病为由请求辞官回乡。庚子日，朝廷任命李义琰为银青光禄大夫，准许他退休。
癸丑日，守中书令崔知温去世。
夏季四月，绥州步落稽部落的白铁余，把一尊铜佛埋在地下，过了很长时间，埋佛的地方长出了草，他欺骗同乡的人说：“我在这里多次看到佛光出现。”他挑选了一个日子召集众人挖地，果然挖出了铜佛，于是又说：“能够见到圣佛的人，百病都会痊愈。”远近的人都纷纷赶来朝拜。白铁余用几十层不同颜色的丝囊把铜佛包裹起来，有人献上丰厚的财物，他才去掉一层丝囊。几年之间，归附信奉他的人越来越多，白铁余于是密谋叛乱。他占据城平县，自称光明圣皇帝，设置文武百官，发兵攻打绥德、大斌二县，杀死官吏，焚烧百姓的房屋。朝廷派遣右武卫将军程务挺与夏州都督王方翼率军讨伐他，甲申日，唐军攻克城平城，生擒白铁余，其余叛乱党羽全部被平定。
五月，乙巳日，突厥阿史那骨笃禄等人率军侵犯蔚州，杀死蔚州刺史李思俭，丰州都督崔智辩率领军队在朝那山北面截击突厥军队，结果战败，被突厥人擒获。朝廷商议想要废除丰州，将丰州的百姓迁移到灵州、夏州。丰州司马唐休璟上奏说：“丰州凭借黄河作为坚固的屏障，地处抵御敌军的战略要地，从秦、汉以来，就被设置为郡县，这里的土地适宜耕种放牧。隋朝末年天下大乱，朝廷将丰州的百姓迁移到宁州、庆州，导致胡虏深入侵扰，灵州、夏州反而成为边境。贞观末年，朝廷招募百姓充实丰州，西北边境才得以安定。如今废除丰州，那么黄河沿岸的土地将重新被胡虏占据，灵州、夏州等地的百姓也会无法安心耕作放牧，这对国家是不利的！”朝廷于是打消了废除丰州的念头。
六月，突厥的另一支部落侵犯岚州，偏将杨玄基率军击退了他们。秋季，七月，己丑日，朝廷册立皇孙李重福为唐昌王。庚辰日，高宗下诏定于今年十月在嵩山举行封禅大典；不久后，因高宗身体不适，又改到第二年正月举行。甲辰日，朝廷将相王李轮改封为豫王，并改名为李旦。中书令兼太子左庶子薛元超患上了哑疾，请求辞官回乡；高宗准许了他的请求。
八月，己丑日，朝廷因即将在嵩山举行封禅大典，征召太子前往东都洛阳；留下唐昌王李重福留守京城长安，任命刘仁轨辅佐他。冬季，十月，己卯日，太子抵达东都洛阳。癸亥日，高宗前往奉天宫。
十一月，丙戌日，高宗下诏取消明年在嵩山举行的封禅大典，原因是他的病情加重了。高宗一直被头痛困扰，无法视物，于是召见侍医秦鸣鹤为他诊治，秦鸣鹤请求用针刺头部出血，说这样可以治好病。天后武则天在帘幕后面，不希望高宗的病痊愈，愤怒地说：“此人罪该斩首，竟敢在天子的头上刺血！”秦鸣鹤跪地磕头请求饶命。高宗说：“只管刺吧，说不定会有效果。”秦鸣鹤于是针刺百会、脑户两个穴位。高宗说：“我的眼睛好像能看清东西了。”武则天抬手放在额头上说：“这是上天的恩赐啊！”亲自拿出一百匹彩缎赏赐给秦鸣鹤。戊戌日，朝廷任命右武卫将军程务挺为单于道安抚大使，负责招抚讨伐阿史那骨笃禄等人。
高宗下诏让太子监理国政，任命裴炎、刘景先、郭正一兼任东宫平章事。高宗在奉天宫病重，宰相们都无法见到他。丁未日，高宗返回东都洛阳，文武百官在天津桥南拜见他。
十二月，丁巳日，朝廷更改年号，大赦天下。高宗想要登上则天门楼宣读赦令，却因气喘上不来气无法骑马，于是召集百姓到殿前宣读赦令。当天夜里，高宗召见裴炎入宫，接受遗诏辅佐朝政，随后在贞观殿驾崩。遗诏命令太子在灵柩前即位，军国大事有不能决断的，一并听从天后武则天的处置。朝廷下令废除万泉宫、芳桂宫、奉天宫等宫殿。庚申日，裴炎上奏称太子尚未即位，不应该发布诏令，若有急需处理的事务，希望发布天后的命令，交由中书省、门下省施行。甲子日，唐中宗李显即位，尊奉天后武则天为皇太后，国家政事全部由她决断。太后因泽州刺史韩王李元嘉等人地位尊贵、声望很高，担心他们发动变乱，于是都给他们加授三公等官职来安抚他们的情绪。
甲戌日，朝廷任命刘仁轨为左仆射，裴炎为中书令；戊寅日，任命刘景先为侍中。
按照旧例，宰相在门下省商议政事，那里被称为政事堂，所以长孙无忌担任司空、房玄龄担任仆射、魏征担任太子太师时，都负责门下省的事务。等到裴炎升任中书令后，才将政事堂迁到中书省。
壬午日，朝廷派遣左威卫将军王果、左监门将军令狐智通、右金吾将军杨玄俭、右千牛将军郭齐宗分别前往并州、益州、荆州、扬州四大都督府，与都督府的官员协同镇守当地。
中书侍郎同平章事郭正一被任命为国子祭酒，免去宰相职务。