仪凤元年，公元676年春季正月壬戌日，将冀王李轮改封为相王。
接着，纳州獠人反叛，朝廷下令黔州都督发兵讨伐。
二月甲戌日，将安东都护府迁移到辽东故城；此前在安东都护府担任官职的中原人，全部被罢免。将熊津都督府迁移到建安故城；此前被迁徙到徐州、兖州等州的百济百姓，都安置到建安。
天后劝说皇帝到中岳嵩山举行封禅大典；癸未日，下诏定于今年冬季在嵩山举行封禅仪式。
三月癸卯日，黄门侍郎来恒、中书侍郎薛元超一同担任同中书门下三品。来恒是来济的兄长；薛元超是薛收的儿子。闰月，吐蕃侵犯鄯州、廓州、河州、芳州等地，朝廷下令左监门卫中郎将令狐智通征调兴州、凤州等地的军队抵御。
己卯日，因吐蕃侵犯边塞，下诏停止中岳封禅。乙酉日，任命洛州牧周王李显为洮州道行军元帅，率领工部尚书刘审礼等十二位总管；并州大都督相王李轮为凉州道行军元帅，率领左卫大将军契苾何力等人，讨伐吐蕃。两位亲王都没有前往军中任职。
秋季八月乙未日，吐蕃侵犯叠州。壬寅日，下诏：“桂州、广州、交州、黔州等都督府，近来任命当地人士为官，选拔不够精细。从今以后，每四年派遣五品以上清正官员担任使者，同时命令御史一同前往负责官员的选拔任命。”当时的人称之为“南选”。
九月壬申日，大理寺上奏，左威卫大将军权善才、右监门中郎将范怀义误砍了昭陵的柏树，按罪应当除名；皇帝特意下令将二人处死。大理丞太原人狄仁杰上奏说：“二人的罪行不该判处死刑。”皇帝说：“权善才等人砍了昭陵的柏树，我不杀他们就是不孝。”狄仁杰坚持己见，反复劝谏，皇帝脸色大变，下令让他退下。狄仁杰说：“冒犯君主的威严直言进谏，自古以来都被认为是难事。我却认为，遇到夏桀、商纣这样的君主是难事，遇到唐尧、虞舜这样的君主就容易了。如今法律规定不至于处死，而陛下却特意要杀他们，这是让法律不被百姓信任，百姓以后该如何行事！况且张释之曾经说过：‘假如有人盗取了长陵的一捧泥土，陛下该如何处置？’如今因为一棵柏树就杀两位将军，后代会认为陛下是什么样的君主呢？我不敢遵奉诏令，是担心让陛下陷入不仁不义的境地，而且在地下也羞于见到张释之啊。”皇帝的怒气渐渐消解，最终将二人除名，流放到岭南。几天后，提拔狄仁杰为侍御史。
起初，狄仁杰担任并州法曹时，同僚郑崇质需要出使遥远的地方。郑崇质的母亲年老多病，狄仁杰说：“他的母亲这样，怎么能让他怀有万里之外的忧虑呢！”于是前往长史蔺仁基那里，请求代替郑崇质出使。蔺仁基一向与司马李孝廉不和，此事过后两人相互说道：“我们这些人难道不应该感到惭愧吗！”从此两人和睦相处。
冬季十月丁酉日，在太庙举行祫祭（集合远近祖先神主一同祭祀），采纳太学博士史璨的建议：禘祭（祭祀始祖及先祖）之后三年举行祫祭，祫祭之后二年举行禘祭。
郇王李素节是萧淑妃的儿子，机敏好学。天后厌恶他，将他从岐州刺史降职为申州刺史。乾封初年，皇帝下诏说：“李素节既然有旧疾，就不必入朝觐见了。”但李素节实际上没有病，他因为长久不能入朝见君，便撰写了《忠孝论》。王府仓曹参军张柬之趁机通过出使的机会，秘密将这篇文章封好呈给皇帝。天后见到后，诬陷李素节贪赃受贿，丙午日，将他降封为鄱阳王，安置在袁州。
十一月壬申日，更改年号为仪凤，大赦天下。
十二月戊午日，任命来恒为河南道大使，薛元超为河北道大使，尚书左丞鄢陵人崔知悌、国子司业郑祖玄为江南道大使，分别前往各道巡视安抚。
仪凤二年，公元677年春季正月乙亥日，皇帝举行亲耕籍田仪式（表示重视农业）。
起初，刘仁轨率军从熊津返回，扶馀隆畏惧新罗的逼迫，不敢留下，不久也返回朝廷。二月丁巳日，任命工部尚书高藏为辽东州都督，封朝鲜王，派遣他返回辽东，安抚高丽残余部众；此前被迁徙到各州的高丽人，都派他们与高藏一同返回。又任命司农卿扶馀隆为熊津都督，封带方王，也派遣他返回安抚百济残余部众，同时将安东都护府迁移到新城，统一管辖这些地区。当时百济地区荒凉残破，命令扶馀隆暂时居住在高丽境内。高藏抵达辽东后，图谋反叛，秘密与靺鞨勾结；朝廷将他召回，迁徙到邛州后去世，他的部众被分散迁徙到河南、陇右各州，贫穷弱小的人留在安东城附近。高丽的旧城被新罗占领，残余部众分散逃入靺鞨和突厥境内，扶馀隆最终也不敢返回故地，高氏、扶馀氏于是灭亡。
夏季四月，下诏因黄河南北地区发生旱灾，派遣御史中丞崔谧等人分别前往各道慰问赈济。侍御史宁陵人刘思立上疏认为：“如今小麦即将成熟、蚕桑已经到老熟阶段，农事正繁忙，皇帝派遣使者巡视安抚，百姓都会恭敬不安，忘记自己的家业，期望得到皇帝的恩惠，聚集起来迎接使者，对农事妨碍很大。既然是为了赈济，就必须建立账簿文书，本意是安抚百姓，结果反而造成烦扰。希望暂且委托州县官员负责赈济，等到秋天农事清闲后，再派遣使者前往褒奖或贬斥官员。”奏疏呈上后，崔谧等人便没有出发。
五月，吐蕃侵犯扶州的临河镇，擒获镇将杜孝升，命令他携带书信劝说松州都督武居寂投降，杜孝升坚决不从。吐蕃军队返回时，留下杜孝升离去，杜孝升又率领残余部众坚守临河镇。下诏任命杜孝升为游击将军。
秋季八月，将周王李显改封为英王，改名李哲。
冬季十二月乙卯日，下诏大规模发兵讨伐吐蕃。下诏认为显庆年间制定的新礼仪，大多不遵循古制，五种礼仪（吉、凶、军、宾、嘉）全部依照《周礼》执行。从此礼官更加没有可以依据的准则，每次遇到重大礼仪活动，都需要临时撰写制定。
仪凤三年，公元678年春季正月辛酉日，百官及蛮夷酋长在光顺门朝拜天后。
刘仁轨镇守洮河军时，每次上奏请求，大多被李敬玄压制，因此心怀怨恨。刘仁轨知道李敬玄没有将帅之才，就想要陷害他，便上奏说：“西边的镇守事务，非李敬玄不可。”李敬玄坚决推辞，皇帝说：“刘仁轨需要我，我也会亲自前往，你怎么能推辞！”丙子日，任命李敬玄代替刘仁轨为洮河道大总管兼安抚大使，仍兼任检校鄯州都督。又命令益州大都督府长史李孝逸等人征调剑南、山南的军队前往支援。李孝逸是李神通的儿子。
癸未日，派遣左金吾将军曹怀舜等人分别前往黄河南北招募勇士，无论平民还是官员都可应征。
夏季四月戊申日，大赦天下，将明年年号改为通乾。
五月壬戌日，皇帝前往九成宫。丙寅日，山中下雨，天气严寒，随从的士兵有被冻死的。
秋季七月，李敬玄上奏在龙支击败吐蕃军队。
皇帝刚即位时，不忍心观看《破阵乐》，于是下令停止演奏。辛酉日，太常少卿韦万石上奏说：“这首乐曲长久不演奏，恐怕会失传。请求从今以后在大型宴会时恢复演奏。”皇帝采纳了他的建议。
皇帝准备发兵讨伐新罗，侍中张文瓘卧病在家，亲自乘车入宫觐见，劝谏说：“如今吐蕃侵犯边境，正在发兵向西讨伐；新罗虽然不顺从，但从未侵犯边境，如果又向东征讨，我担心官府和百姓都难以承受其负担。”皇帝于是停止了东征的计划。癸亥日，张文瓘去世。
丙寅日，李敬玄率领十八万军队与吐蕃将领论钦陵在青海湖交战，唐军战败，工部尚书、左卫大将军彭城僖公刘审礼被吐蕃俘虏。当时刘审礼率领前军深入敌军腹地，驻扎在濠沟边，遭到吐蕃军队进攻，李敬玄胆小懦弱，按兵不动，不去救援。得知刘审礼战死的消息后，李敬玄狼狈逃窜，驻扎在承风岭，凭借泥沟坚守自保，吐蕃军队驻扎在高冈上居高临下逼近他。左领军员外将军黑齿常之，夜间率领五百名敢死士兵袭击吐蕃军营，吐蕃军队溃散混乱，将领跋地设率领军队逃走，李敬玄才得以收集残余部众返回鄯州。
刘审礼的几个儿子自缚双手前往皇宫，请求前往吐蕃赎回父亲；朝廷下令允许次子刘易从前往吐蕃探望。刘易从抵达吐蕃时，刘审礼已经病逝，刘易从日夜痛哭不止；吐蕃人被他的孝心感动，归还了刘审礼的遗体，刘易从光着脚背着父亲的遗体返回。皇帝赞赏黑齿常之的功劳，提拔他为左武卫将军，担任河源军副使。
李敬玄西征时，监察御史原武人娄师德响应招募勇士的诏令参军，唐军战败后，朝廷下令娄师德收集溃散的士兵，军队才得以重新振作。于是命令他出使吐蕃，吐蕃将领论赞婆在赤岭迎接他。娄师德传达皇帝的旨意，向论赞婆说明祸福利害，论赞婆非常高兴，为此数年没有侵犯边境。娄师德升任殿中侍御史，担任河源军司马，兼管营田事务。
皇帝因吐蕃的威胁而忧虑，召集所有侍臣商议对策，有人主张和亲以安抚百姓；有人主张加强守备，等到官府和百姓富裕后再讨伐；有人主张立即发兵进攻。议论最终没有定论，皇帝赐宴后让他们退下。
太学生宋城人魏元忠上书，阐述抵御吐蕃的策略，认为：“治理国家的关键，在于文治和武功。如今谈论文治的人以辞藻华丽为首要，而不涉及治国的纲领；谈论武功的人以骑马射箭为先，而不懂得谋略，这些对国家的治乱有什么益处呢！所以陆机撰写《辨亡论》，却无法挽救西晋河桥之战的失败；养由基能射穿七层甲叶，却不能帮助楚国在鄢陵之战中取胜，这都是已经发生的明证。古语有云：‘百姓没有固定的习俗，政事有治理得好和不好之分；军队没有强大和弱小之别，将领有聪明和笨拙之分。’因此选拔将领应当以谋略为根本，勇力为次要。如今朝廷用人，大多选取将门子弟和为国捐躯者的后代，他们都是平庸之人，怎能担当起边关的重任！李左车、陈汤、吕蒙、孟观，都出身贫贱却立下特殊功勋，从未听说他们的家族世代为将。
“赏罚是军队和国家的关键事务，如果有功不赏，有罪不罚，即使是尧、舜也无法治理好国家。议论的人都说：‘近来的征伐，空有赏格却没有实际兑现。’这是因为才能低下的官吏不识大体，只吝惜功勋赏赐，担心耗费仓库的财物。却不知道士兵不拼命作战，造成的损失有多大！百姓虽然卑微，但不能欺骗。怎能颁布不可信的命令，设立虚假的奖赏科目，却期望士兵立下功劳呢！自从苏定方征伐辽东，李积攻破平壤，奖赏从未兑现，功勋一直被搁置，没有听说斩杀一名郎中、一名令史，来向有功之人谢罪。大非川之战失败后，薛仁贵、郭待封等人没有立即被严惩，假如当初早一点诛杀薛仁贵等人，那么其他将领后来怎敢战败失利呢！我担心平定吐蕃，并非短期内可以实现。
“此外，出兵作战的关键，全靠马匹的力量。我请求解除禁止百姓养马的禁令，让百姓都能养马；如果官军大规模出兵，可以委托州县长官用官府的钱高价收购马匹，这样马匹就都归官府所有。吐蕃等胡虏依靠马匹的力量变得强大，如果允许民间买卖和饲养马匹，就是削弱他们的优势，增强中原的实力。”此前朝廷禁止百姓养马，因此魏元忠提到了这一点。皇帝认为他的建议很好，召见了他，让他在中书省当值，担任仗内供奉。
冬季十月丙午日，徐州刺史密贞王李元晓去世。
十一月壬子日，黄门侍郎、同中书门下三品来恒去世。
十二月，下诏停止明年的“通乾”年号，因为“通乾”的反语（倒着读）不吉利。
调露元年，公元679年春季正月己酉日，唐高宗前往东都洛阳。
司农卿韦弘机修建宿羽宫、高山宫、上阳宫等，规模宏伟壮丽。上阳宫临近洛水，建有绵延一里的长廊。宫殿建成后，高宗迁居其中。侍御史狄仁杰弹劾韦弘机诱导君主奢侈无度，韦弘机因此被免职。左司郎中王本立依仗皇帝恩宠专权，朝廷百官都畏惧他。狄仁杰上奏揭发其奸恶，请求将他交付法司治罪，高宗特意赦免了他。狄仁杰说：“国家虽缺乏英才，难道还少王本立这类人！陛下为何要怜惜罪人，而损害国家法律。若一定要曲意赦免王本立，就请将我流放到无人之地，以作为将来忠贞之士的警戒！”王本立最终被治罪，从此朝廷风气肃然。
庚戌日，右仆射、太子宾客道恭公戴至德去世。
二月壬戌日，吐蕃赞普去世，其子器弩悉弄继位，当时年仅八岁。器弩悉弄正与舅舅麹萨若前往羊同征兵，他六岁的弟弟留在论钦陵军中。国人畏惧论钦陵的权势，想立其弟为赞普，论钦陵不同意，与麹萨若共同拥立器弩悉弄。
高宗得知赞普去世、继位者未定，命裴行俭趁机谋取吐蕃。裴行俭说：“论钦陵执政，大臣们和睦同心，不可图谋。”此事遂作罢。
夏，四月辛酉日，郝处俊被任命为侍中。
偃师人明崇俨凭借符咒幻术受到高宗和天后武则天的器重，官至正谏大夫。五月壬午日，明崇俨被强盗杀害，官府搜捕盗贼，最终未能抓获。朝廷追赠明崇俨为侍中。
丙戌日，高宗命太子监国。太子处理事务英明审慎，受到当时人们的称赞。
戊戌日，朝廷在渑池以西修建紫桂宫。
六月辛亥日，朝廷大赦天下，改年号为调露。
起初，西突厥十姓可汗阿史那都支与别帅李遮匐勾结吐蕃，侵犯逼近安西都护府，朝廷商议派兵讨伐。吏部侍郎裴行俭说：“吐蕃侵犯边境，李审礼全军覆没，战事尚未平息，怎能再出兵西方！如今波斯王去世，其子泥洹师在京师充当人质，应派遣使者送他回国，途经阿史那都支和李遮匐的领地，可相机行事擒获他们，无需流血就能成功。”高宗采纳了这一建议，任命裴行俭为册立波斯王使，兼任安抚大食使。裴行俭上奏请求任命肃州刺史王方翼为副使，兼任检校安西都护。
秋，七月己卯朔日，高宗下诏定于今年冬至在嵩山举行封禅大典。
起初，裴行俭曾担任西州长史，此次奉命途经西州时，当地官吏百姓前往郊外迎接。裴行俭召集当地豪杰子弟一千余人随行，并且扬言天气炎热，不宜远行，需等天气稍凉再向西进发。阿史那都支侦察到这一情况，便未设防。裴行俭从容召集四镇各部落酋长，说：“昔日在西州时，打猎十分快乐，如今想重温旧趣，谁愿随我打猎？”各部落子弟争相请求随行，很快聚集了近万人。裴行俭表面上组织打猎，暗中整顿军队，几天后便率军日夜兼程向西进军。在距离阿史那都支部落十余里时，先派遣其亲信前往问候，表面上显得悠闲无事，仿佛并非前来讨伐，随后派人催促阿史那都支前来相见。阿史那都支原本与李遮匐约定秋季抵御唐朝使者，突然得知大军到来，无计可施，只好率领子弟前来迎接，被当场擒获。裴行俭随即派人传递西突厥的契箭，召集各部落酋长，将他们全部押送到碎叶城。他挑选精锐骑兵，轻装疾进，日夜兼程突袭李遮匐，途中俘获了阿史那都支派往李遮匐处的使者和李遮匐的使者；裴行俭释放了李遮匐的使者，让他先回去告知李遮匐阿史那都支已被擒获，李遮匐随即投降。于是，裴行俭将阿史那都支、李遮匐囚禁起来带回朝廷，派遣波斯王自行回国，留下王方翼驻守安西，命他修筑碎叶城。
冬季，十月，单于大都护府下属的突厥阿史德温傅、奉职两部一同反叛，拥立阿史那泥熟匐为可汗，二十四州的酋长全部反叛响应，兵力达数十万。朝廷派遣鸿胪卿、单于大都护府长史萧嗣业，右领军卫将军花大智，右千牛卫将军李景嘉等率军讨伐。萧嗣业等人起初作战多次获胜，因而放松了戒备；恰逢天降大雪，突厥军队趁夜袭击他们的营地，萧嗣业狼狈不堪地率军突围逃跑，军队大乱，被突厥打败，死亡人数难以计数。花大智、李景嘉率领步兵边战边退，得以退入单于大都护府。萧嗣业被减免死罪，流放桂州，花大智、李景嘉均被免职。
突厥军队侵犯定州，刺史霍王元轨下令打开城门，放下旗帜，突厥人怀疑有埋伏，畏惧而连夜逃走。定州人李嘉运与突厥勾结通谋，事情败露后，高宗命令霍王元轨彻底追查其党羽。霍王元轨说：“强敌就在边境，人心不安。若逮捕过多的人，会逼迫他们反叛。”于是仅处死李嘉运，其余的人一概不问，并上书自我弹劾违背诏令。高宗看到奏表后大喜，对使者说：“朕也后悔了，若没有霍王，定州就保不住了。”从此朝廷有大事，高宗大多秘密下诏询问霍王元轨的意见。
壬子日，朝廷派遣左金吾卫将军曹怀舜驻守井陉，右武卫将军崔献驻守龙门，以防备突厥。突厥煽动奚、契丹侵犯营州，都督周道务派遣户曹、始平人唐休璟率军击败了他们。
庚申日，高宗下诏因突厥背叛，取消嵩山封禅大典。
癸亥日，吐蕃文成公主派遣大臣论塞调傍前来唐朝报丧，并请求和亲，高宗派遣郎将宋令文前往吐蕃参加赞普的葬礼。
十一月戊寅朔日，朝廷任命太子左庶子、同中书门下三品高智周为御史大夫，免去其宰相职务。
癸未日，高宗宴请裴行俭，对他说：“你兼具文武才能，现在授予你两个职位。”于是任命他为礼部尚书兼检校右卫大将军。甲辰日，任命裴行俭为定襄道行军大总管，率领十八万军队，连同西军检校丰州都督程务挺、东军幽州都督李文暕的部队，总计三十余万人讨伐突厥，全部受裴行俭调度指挥。程务挺是程名振的儿子。
永隆元年，公元680年春季，二月癸丑日，高宗前往汝州的温泉；戊午日，前往嵩山处士三原人田游岩的居所；己未日，前往道士宗城人潘师正的居所，高宗、天后武则天及太子都向潘师正行跪拜之礼。乙丑日，返回东都洛阳。
三月，裴行俭在黑山大败突厥军队，擒获其酋长奉职，可汗阿史那泥熟匐被部下杀死，部下将其首级献上投降。
起初，裴行俭进军到朔川，对部下说：“用兵之道，安抚士兵贵在真诚，制服敌人重在欺诈。此前萧嗣业的粮草被突厥劫掠，士兵们受冻挨饿，因此战败。如今突厥必定还会使用这一计谋，应当用计策欺骗他们。”于是伪装成三百辆粮车，每辆车中埋伏五名壮士，每人手持陌刀、强弩，派数百名瘦弱的士兵护送，同时在险要之地埋伏精兵等待突厥军队。突厥军队果然前来劫粮，瘦弱的士兵弃车四散逃跑。突厥军队将粮车赶到水草之地，解下马鞍让马休息，准备取车上的粮食，这时埋伏在车中的壮士突然跳出袭击，突厥军队惊慌逃走，又遭到埋伏精兵的拦截，几乎全军覆没。从此，唐军的粮草运输队伍，突厥军队再也不敢靠近。
军队行进到单于府以北，天色已晚，安营扎寨后，营寨的壕沟已经挖好，裴行俭突然下令将营地迁移到高冈上。将领们都说士兵已经安顿就绪，不宜再移动，裴行俭不听，催促士兵迁移。当天夜里，狂风暴雨突然降临，先前的营地积水达一丈多深。将领们既震惊又佩服，询问其中的缘故，裴行俭笑着说：“从今以后只管服从我的命令，不必问我如何知晓。”
奉职被擒获后，残余的突厥军队逃到狼山据守。高宗下诏令户部尚书崔知悌乘驿车前往定襄慰问将士，并处理残余的突厥叛军，裴行俭率军返回。
夏季，四月乙丑日，高宗前往紫桂宫。
戊辰日，黄门侍郎闻喜人裴炎、崔知温，中书侍郎京兆人王德真一同被任命为同中书门下三品。崔知温是崔知悌的弟弟。
秋季，七月，吐蕃侵犯河源，左武卫将军黑齿常之率军击退了他们。朝廷提拔黑齿常之为河源军经略大使。黑齿常之认为河源是战略要地，想要增兵戍守，但运输粮草的道路艰险遥远，于是广泛设置烽火台和戍所七十余处，开垦屯田五千余顷，每年收获粮食五百余万石，从此军队的作战和防守都有了充足的准备。
此前，剑南招募士兵在茂州西南修筑安戎城，以切断吐蕃与南方蛮族的交通要道。吐蕃以生羌为向导，攻陷了安戎城，并派兵驻守，从此西洱各蛮族都投降了吐蕃。吐蕃完全占据了羊同、党项及各羌族部落的领地，东接凉州、松州、茂州、巂州等州；南邻天竺，西攻陷龟兹、疏勒等安西四镇，北抵突厥，疆域方圆万余里，各少数民族中，吐蕃最为强盛，无人能比。
丙申日，郑州刺史江王元祥去世。
突厥残余军队包围云州，代州都督窦怀悊、右领军中郎将程务挺率军击败了他们。
八月丁未日，高宗返回东都洛阳。
中书令、检校鄯州都督李敬玄战败后，多次声称患病请求返回京城；高宗批准了他的请求。但他回到京城后，却没有患病，还前往中书省处理政务；高宗大怒，丁巳日，将他贬为衡州刺史。
太子李贤听到宫中私下议论，说自己是天后武则天的姐姐韩国夫人所生，内心疑虑恐惧。明崇俨凭借厌胜之术得到天后的信任，曾私下说“太子不能胜任继承皇位的重任，英王的相貌酷似太宗”，又说“相王的相貌最为尊贵”。天后曾命令北门学士撰写《少阳正范》和《孝子传》赐予太子，又多次写信责备他，太子心中更加不安。
等到明崇俨被杀害，盗贼未能抓获，天后怀疑是太子所为。太子颇为喜好声色，与户奴赵道生等人关系亲密，赏赐给他们大量金银丝帛。司议郎韦承庆上书劝谏，太子不听。天后派人告发此事，高宗下诏令薛元超、裴炎与御史大夫高智周等人共同审讯，在东宫马坊搜出数百领黑色铠甲，被认定为谋反用具；赵道生又供认是太子指使自己杀死了明崇俨。高宗一向喜爱太子，犹豫不决想要宽恕他，天后说：“作为儿子却心怀叛逆图谋，是天地所不容的；大义灭亲，怎能赦免！”甲子日，将太子李贤废为庶人，派遣右监门中郎将令狐智通等人将李贤押送到京师，幽禁在别处，其党羽全部被处死，还在天津桥南焚烧了搜出的铠甲，以警示百姓。韦承庆是韦思谦的儿子。
乙丑日，朝廷立左卫大将军、雍州牧英王李哲为皇太子，改年号为永隆，大赦天下。
太子洗马刘讷言曾撰写《俳谐集》献给李贤，李贤被废后，这本书被搜出，高宗大怒说：“用《六经》教导人，还担心不能感化，竟然进献这类戏谑鄙俗的言论，这难道是辅导太子的本分吗！”将刘讷言流放到振州。左卫将军高真行的儿子高政担任太子典膳丞，因与李贤有牵连，高宗将他交给其父高真行，让他自行训诫责罚。高政进门后，高真行用佩刀刺穿他的喉咙，高真行的哥哥户部侍郎高审行又刺穿他的腹部，高真行哥哥的儿子高璿砍下他的头颅，丢弃在道路旁。高宗得知此事后，十分不悦，将高真行贬为睦州刺史，高审行贬为渝州刺史。高真行是高士廉的儿子。
左庶子、同中书门下三品张大安因依附太子李贤而获罪，被贬为普州刺史，其余东宫官员，高宗都赦免了他们的罪责，让他们恢复原职，左庶子薛元超等人都手舞足蹈地拜谢皇恩；只有右庶子李义琰独自引咎自责，流泪哭泣，当时的舆论称赞他。
九月甲申日，朝廷任命中书侍郎、同中书门下三品王德真为相王府长史，免去其宰相职务。
冬季，十月壬寅日，苏州刺史曹王明、沂州刺史嗣蒋王李炜，都因是前太子李贤的党羽而获罪，曹王明被降封为零陵郡王，安置在黔州；李炜被削除官爵，安置在道州。
丙午日，文成公主在吐蕃去世。
开耀元年，公元681年春季正月，突厥侵犯原州、庆州等地。乙亥日，朝廷派遣右卫将军李知十等人率军驻守泾州、庆州，以防备突厥进攻。
庚辰日，因刚册立太子，高宗下诏在宣政殿宴请百官及官员家属，让九部乐舞和散乐从宣政门进入表演。太常博士袁利贞上疏劝谏：“宣政殿是正殿，不是宴请官员家属的地方；宣政门是帝王进出的要道，不是歌舞艺人进出的场所。请求将官员家属的宴会改在其他宫殿，九部乐舞从东西门进入，散乐则希望停止演出。”高宗于是下令将宴会改在麟德殿举行；宴会当天，赏赐袁利贞一百段丝帛。袁利贞是袁昂的曾孙。
袁利贞的族孙袁谊担任苏州刺史，自认为其先祖从南朝宋太尉袁淑以来，世代忠于帝王宗室；他认为琅邪王氏虽然世代担任宰相，却是历代王朝的辅佐之臣，因此以与王氏相比为耻，曾说：“名门望族的可贵之处，在于世代坚守忠贞，才能德行相继不绝。那些通过联姻谋取功名利禄的人，又有什么值得尊贵的呢！”当时的人都赞同他的说法。
裴行俭率军返回后，突厥首领阿史那伏念又自立为可汗，与阿史德温傅联合出兵侵犯边境。癸巳日，朝廷任命裴行俭为定襄道大总管，右武卫将军曹怀舜、幽州都督李文暕为副大总管，率军讨伐突厥。
二月，天后武则天上表请求赦免杞王李上金、鄱阳王李素节的罪过；高宗于是任命李上金为沔州刺史，李素节为岳州刺史，但仍不许他们参加朝会。
三月辛卯日，任命刘仁轨兼任太子少傅，其余官职不变；任命侍中郝处俊为太子少保，免去其宰相职务。
少府监裴匪舒善于经营谋利，上奏请求售卖皇家园林中的马粪，每年可获利二十万缗。高宗询问刘仁轨的意见，刘仁轨回答说：“利润确实丰厚，但恐怕后代会称唐朝是‘卖马粪的王朝’，这不是好名声。”高宗于是停止了这一做法。裴匪舒又为高宗建造镜殿，宫殿建成后，高宗与刘仁轨一同前往观看，刘仁轨惊慌地快步走下殿阶。高宗询问原因，刘仁轨回答说：“天无二日，国无二主，刚才看到四面墙壁上有多个天子的影像，没有比这更不祥的了！”高宗立即下令将镜子全部剔除。
曹怀舜与副将窦义昭率领前军攻打突厥。有人报告说：“阿史那伏念与阿史德温傅在黑沙以北，身边仅有二十名骑兵以下，可以直接前往擒获他们。”曹怀舜等人相信了这一消息，将老弱士兵留在瓠芦泊，率领精锐轻骑兵日夜兼程前进。到达黑沙后，却一无所获，人马疲惫不堪，只好率军返回。
途中恰逢薛延陀部落想要向西投奔阿史那伏念，遇到曹怀舜的军队后，便请求投降。曹怀舜等人率军缓慢返回，到达长城以北时，遭遇阿史德温傅的军队，双方发生小规模战斗后，各自撤退。到达横水时，遭遇阿史那伏念的军队，曹怀舜、窦义昭与李文暕及副将刘敬同的四军合并，列成方阵边战边退；经过一天的战斗，阿史那伏念趁顺风发起进攻，唐军大乱，曹怀舜等人弃军逃跑，军队彻底溃败，死亡人数难以计数。曹怀舜等人收集溃散的士兵，收敛金银丝帛贿赂阿史那伏念，与他约定讲和，杀牛盟誓。阿史那伏念率军向北离去，曹怀舜等人才得以返回。
夏季五月丙戌日，曹怀舜被减免死罪，流放到岭南。
己丑日，河源道经略大使黑齿常之率军在良非川攻打吐蕃将领论赞婆，将其击败，收缴其粮草牲畜后返回。黑齿常之在军中任职七年，吐蕃人对他十分畏惧，不敢侵犯边境。
起初，太原王妃（武则天的母亲杨氏）去世后，天后请求让太平公主出家为女官，为母亲祈福。后来吐蕃请求和亲，想要迎娶太平公主，高宗于是为太平公主建立太平观，任命她为观主，以此拒绝吐蕃的和亲请求。到这时，才挑选光禄卿汾阴人薛曜的儿子薛绍迎娶太平公主。薛绍的母亲是太宗的女儿城阳公主。
秋季七月，太平公主嫁给薛绍，婚礼队伍从兴安门南延伸到宣阳坊西，沿途火炬接连不断，路边的槐树大多被烤死。薛绍的哥哥薛顗因太平公主深受宠爱，十分担忧，询问族祖户部郎中薛克构的意见。薛克构说：“皇帝的外甥迎娶公主，是国家的旧例，只要行事恭敬谨慎，又有什么妨碍！但俗话说：‘娶妇得公主，无事取官府。’不得不为之担忧啊。”
天后因薛顗的妻子萧氏和薛顗弟弟薛绪的妻子成氏不是贵族，想要将她们休弃，说：“我的女儿怎能与农家女做妯娌呢！”有人说：“萧氏是萧瑀的侄孙，与国家是旧有姻亲。”天后才作罢。
夏州群牧使安元寿上奏：“自调露元年九月以来，损失马匹十八万余匹，监牧官吏和士兵被突厥杀害劫掠的有八百余人。”
薛延陀达浑等五州的四万余帐部落前来投降。
甲午日，左仆射兼太子少傅、同中书门下三品刘仁轨坚决请求辞去仆射职务，高宗批准。
闰七月丁未日，任命裴炎为侍中，崔知温、薛元超一同代理中书令。
高宗征召田游岩担任太子洗马，但田游岩在东宫任职期间，没有对太子起到任何规劝辅助的作用。右卫副率蒋俨写信责备他说：“您身负巢父、许由那样的高洁气节，傲视唐尧、虞舜那样的圣明君主，名声传遍天下，流芳海内。主上放下帝王的尊贵，给予您三顾茅庐般的荣耀，像对待商山四皓那样对待您，不以臣子之礼约束您，就是希望您能辅导太子，让他受到良好的熏陶。皇太子正值壮年，圣明之道尚未完备，我虽无才，仍敢在朝廷上直言进谏；您肩负着辅导太子的重任，正是应当进言献策的时候，却一味顺从，毫无建树，虚度光阴。如果您当初不接受朝廷的俸禄，我怎敢责备您！如今您享受着朝廷的俸禄，惠及亲人，又该用什么来报答呢？我想您是不通晓事理，特此写信提醒您。”田游岩最终无法答复。
庚申日，高宗因服用丹药，命令太子监国。裴行俭率军驻扎在代州的陉口，多次使用反间计，因此阿史那伏念与阿史德温傅之间逐渐产生猜忌。阿史那伏念将妻子、儿女和辎重留在金牙山，率领轻骑兵袭击曹怀舜。裴行俭派遣副将何迦密从通漠道出发，程务挺从石地道出发，突袭金牙山。阿史那伏念与曹怀舜等人讲和后返回，到达金牙山时，发现妻子、儿女和辎重都已丢失，士兵大多患病，于是率军向北逃往细沙据守。裴行俭又派遣副总管刘敬同、程务挺等人率领单于府的军队追击。阿史那伏念请求擒获阿史德温傅来赎罪，但仍犹豫不决，又自恃路途遥远，唐军必定无法抵达，于是不再设防。刘敬同等率军赶到时，阿史那伏念狼狈不堪，无法整顿军队，只好擒获阿史德温傅，从小路前往裴行俭军中投降。侦察骑兵报告说有大股烟尘漫天而来，将士们都十分震惊恐惧。裴行俭说：“这是阿史那伏念擒获阿史德温傅前来投降，不是其他盗贼。但接受投降如同面对敌人，不可没有防备。”于是下令严阵以待，派遣一名使者前去迎接慰问。不久，阿史那伏念果然率领酋长们捆绑着阿史德温傅，前往军营门口请罪。裴行俭彻底平定了突厥残余势力，将阿史那伏念、阿史德温傅等人押回京师。
冬季十月壬戌日，裴行俭等人献上定襄之战的俘虏。乙丑日，更改年号为开耀。丙寅日，在京城的集市上斩杀阿史那伏念、阿史德温傅等五十四人。
起初，裴行俭曾许诺阿史那伏念投降后不杀他，因此阿史那伏念才投降。裴炎嫉妒裴行俭的功劳，上奏说：“阿史那伏念是被副将张虔勖、程务挺逼迫，又遭到回纥等部落从漠北向南进逼，走投无路才投降的。”于是高宗下令将阿史那伏念处死。裴行俭叹息说：“王浑、王浚争功的事，古今都引以为耻。恐怕杀了投降的人，以后就再也没有人敢投降了。”于是声称患病，不再上朝。
丁亥日，新罗王金法敏去世，高宗派遣使者册立他的儿子金政明为新罗王。
十一月癸卯日，将前太子李贤迁移到巴州安置。