合纵连横的格局初定，各方势力进入了一个相对胶着而又暗流涌动的时期。这不再是狂风暴雨般的正面冲突，而是如同江南的梅雨，绵密而渗透，考验着耐心与韧性。变革的力量开始转向深耕细作，巩固既有成果，并催生新的萌芽。
龙江工坊内，“麒麟号”蒸汽机车已完成了数十次往返南京与麒麟门的测试运行，稳定性和可靠性大幅提升。张小五带领工匠们积累了大量的维护经验和数据，开始着手设计下一代更高效、更经济的机车图纸。但王贞仪的目光已投向更远处。她组织格物院的学士，联合工部精通水利与建筑的官员，开始秘密勘察规划通往扬州、乃至更北方济宁的铁路线路。这不仅是地理上的延伸，更是对未来帝国经济动脉的超前布局。同时，她指示沈括的电力团队，尝试将小型、改进后的蒸汽机与发电机结合，探索“蒸汽发电”的可能性，为未来电力的规模化应用寻找动力之源。这是在为下一个技术时代埋下伏笔，尽管前路漫漫，但种子已然播下。
户部经历了钱司务倒台的震荡后，进入了痛苦的“换血”期。依据议会通过的新纲，一场大规模的业务考核与人员汰换悄然展开。大批精通新式会计和数算的年轻书生，通过相对公平的考核，被补充进各级清吏司。旧吏们或被迫学习新法以适应，或因考核不合格而被清退。阻力依然存在，抱怨和消极情绪弥漫在一些角落，但大势已不可逆转。顾炎成等人并未止步于此，他们开始以此为契机，推动在漕运、海关等几个关键部门全面推行新式会计法与审计制度，试图将南京户部的成功经验复制出去，编织一张覆盖更广的财政管理新网络。
青霉素的研发与推广，进入了一个新的阶段。获得了太医院有限的合作与认可后，李仲景团队开始系统性地整理临床数据，编写《青霉素临症应用初探》，试图初步建立使用规范和剂量标准。然而，最大的瓶颈——量产问题——依然如鲠在喉。手工提纯的产量，连满足南京一地的危重病患需求都极为困难。李仲景与几位精通机械的格物院学士闭门研讨数日，提出了一个大胆的设想：设计一套利用齿轮传动和压力过滤的半自动化提纯设备，以替代目前完全依赖人力的繁琐工序。图纸的绘制和模型的制作需要时间、金钱和反复试验，但这无疑是走向工业化量产的关键一步。与此同时，关于青霉素的疗效报告，也通过秘密渠道，开始在小范围内向关注此事的军方医官流传。
江南的田野上，甘薯带来的冲击仍在持续发酵。溧阳县的丰收景象吸引了周边州县众多农人的目光，前来观摩、求取薯种者络绎不绝。徐光启抓住时机，在格物院的支持下，开办了首期“新式农法讲习班”，招募识字的年轻农人或有志于此的士子，系统讲授甘薯、占城稻的栽培技术以及初步的土壤、肥料知识。星星之火，开始有意识地向更广阔的乡村播撒。一些嗅觉敏锐的地方官员，也开始将推广新作物视为政策亮点，主动与格物院接洽。农业变革的根系，正悄然向土壤深处扎去。
而在棋盘的另一端，反对势力也并未坐以待毙。苏州的苏有德利用诉讼拖延的策略取得了一定效果，铁路工程进展缓慢。都察院李守俊则将攻击的矛头转向了这些新出现的变化。他上奏批评格物院“妄测天道，私绘舆图，其心叵测”，指责议会推动的吏员考成是“苛待旧员，动摇国本”，甚至隐晦地暗示青霉素的研发“有违伦常，恐遭天谴”。他的言论虽已不如以往那般具有决定性影响力，却依然能在士林和官场中制造杂音，形成一种无形的牵制。
最引人瞩目的，则是军方态度的逐渐明朗。在数次秘密接触和非正式的兵棋推演后，几位资深将领联名向兵部提交了一份密呈，详细阐述了铁路对于国防的战略价值，并建议朝廷“应优先保障通往九边重镇之铁道勘探与资源倾斜”。同时，军方也正式提出，希望格物院能为京营培养一批懂得基础外伤处理和青霉素应急使用的医官。这不再是泛泛的“关注”，而是带着具体需求的实质性靠拢。一支举足轻重的力量，正在缓缓倒入变革的天平。
王贞仪站在格物院的观星台上（这里也兼做气象观测），俯瞰着南京城。她能感受到脚下这片土地正在发生的深刻而缓慢的变化。技术的深耕在默默进行，利益的萌芽在悄然生长，盟友的脉络在逐渐清晰，而敌人的低语也从未停歇。这不再是轰轰烈烈的爆破，而是滴水穿石的渗透。她深知，这个阶段或许没有太多激动人心的捷报，但每一步扎实的深耕，每一颗精心培育的萌芽，都将在未来某个时刻，汇聚成不可阻挡的洪流。
林川在紫金山别院，收到了关于军方密呈和青霉素量产计划的消息。他提笔，在笔记上缓缓画了一个圈，将“铁路”、“青霉素”、“新军”连接起来，并在旁边写下：“三角初成，根基渐稳。然深耕之时，易生倦怠，亦需防暗处腐殖。当以利驱之，以势导之，静待瓜熟蒂落。”
深耕的季节，需要的是农人般的耐心与远见。萌芽既已破土，剩下的，便是等待阳光雨露，以及，警惕可能到来的倒春寒。