在天亮时分，局势基本上已经彻底稳定了下来。
崇祯帝命令太监敲起登文钟，召集众臣前来上朝。这时间已经比平时的上朝时间晚了一个时辰，在他又等了一个时辰后，竟然还有无数大臣缺席。询问之后，才知道除了一些大臣死于骚乱外，大部分人竟然在昨夜直接逃出了城。
崇祯帝恼怒的同时又感到了一些悲凉。这些人平时吃着荒凉，但只是听到一些流言就丢弃职责逃出城去。等到流贼真的打进京师，又如何指望他们为大明尽忠？崇祯帝在暴怒之下，下令清查所有不在场之人。重则入监，轻者去官，受惩责的人不计其数。
而朝堂之上，官官相护早就形成了一种传统，大小官吏彼此之间或多或少都有些关系。他们不敢质疑崇祯帝的决定，却可以把矛头对准下达打开城门，放人出城的周显。
周显放众人离开，本是为了减轻城中压力，以便兵卒尽快平定骚乱。但在有些大臣眼中，这却成了意图不轨的罪证。而当他们知道这一场骚乱的开端是从周显射杀薛濂开始的，一些在这场骚乱中死伤了家人，或者家被洗劫的众臣更是气愤万分。他们纷纷上书，要求崇祯皇帝重惩周显。
在这样的群情激愤中，周显的一点点过错都被无限的放大。最初，众臣只是讨论怎样对周显稍加惩处，但最后大有不斩了周显就无法平息民愤的地步。
而作为这场骚乱的另一个策划者高起潜，也比周显好不到什么地方去。他在骚乱发生之前便躲到了皇城里面，以为这样自己就可以摆脱嫌疑。但他没想到的是，周显直接下令抄了他的家，并从中搜出了近百万两白银。本来就对宦官集团不满的东林党人纷纷上书攻讦高起潜贪墨，让他对自己的这百万家产做出解释。
崇祯帝不堪压力，最后命人将周显下狱。而高起潜因为在崇祯帝面前承认自己贪墨，并言说愿意献出所有家产后，从而得到了崇祯帝的原谅。但对于贪墨之外的事情，他和周显完全一样，概不承认。
崇祯帝不信任朝廷大臣，外放的太监都是他的耳目，而高起潜是这些太监中唯一通晓军事，而且最有能力的一个。他从内心也不愿舍弃高起潜，在看到高起潜承认罪责后，也愿意给其一个机会。
松山之战中，明方洪承畴被俘，卢象升伤重而亡。而清方，阿济格被卢象升阵斩，济尔哈朗被曹变蛟重伤。因为双方兵力都折损巨大，在这段时间内，辽东除了一些小冲突外，再无发生什么大规模的战事。
但总兵李辅明上禀，说最近清军调动频繁，似乎要再次发起进攻。崇祯帝早欲在辽东再安插一个监军，只不过一直没有合适的人选。将高起潜贬黜京师到辽东出任监军，一方面可以平息了众人的愤怒，另一方面也可以助崇祯皇帝稍微控制一下辽东的军队。
而周显这边，处境显然比高起潜更难，毕竟后者只有一个贪墨的罪名。虽然崇祯帝心中知道周显并无大罪，甚至这场骚乱之所以能这么快止息，少不了他的果断行动。但当场射杀薛濂，在平叛过程中下达了对乱民格杀勿论的命令等这些行为都颇有争议。
那么多百姓被杀，那么多民房被烧，那么多公侯伯府被洗劫一空。到最后，所有的愤怒到最后都集中到了周显身上。
崇祯帝想要放了周显，但在群臣的纷纷上书中，他又无法下那样的诏令。最后只得暂时关着周显，欲待此事稍微平息之后，再下令放他出狱。但因为周显之前的光芒太盛，嫉妒他的，仇视他的不计其数。这些人不断上书，而李邦华、方以智等支持周显的话语反而沉入在茫茫的糟杂声中。
周显对于这件事早有一些心理预期，但他没想到这样的指责竟然持续一月有余而丝毫没有减弱趋势。这一个多月的监牢生活，不仅减弱了周显对崇祯帝的信任，也使他对大明的臃肿的官僚体系产生了彻底的反感。
有罪就是有罪，无罪就是无罪，这样一直拖着算什么事。
但在今日，事情却突然有了转机。而令周显惊奇的是，最后使自己放出牢狱的原因不是因为崇祯帝最终下定决心，而是远在山东的刘泽清逼得他不得不放周显出狱。
周显用清水洗了一下脸庞，伸开双手，任由一个小太监替他穿上官服。一个月的监牢生活让他看起来瘦了不少，但双眼炯炯，光芒不减。
王承恩在旁道：“本应让周宣武先归家换身衣服，但皇爷召见的急，还请您不要在意。”
周显点了点头，并没有多说什么，只是静静的听王承恩叙说外面最新的态势。
狱中消息闭塞，虽然在入狱之后，李邦华、方以智、甚至侯方域都曾来看过自己，但从他们得到的讯息都是不完整的。王承恩为崇祯帝最亲近的内恃，可以接触到全国各地最新、最真实的情况，消息由他口出，基本上可以确认为真。
终于穿好了衣服，周显轻轻的叹了口气。真没想到一个多月的时间，竟然可以发生这么多事情。
李自成攻下开封城之后，建立了大顺朝。之后在众臣的辅助下，安抚百姓，训练士卒，实力大增。他们先后夺取了归德、汝宁等府，除了黄河北岸的彰德府和半个怀庆府仍在官军控制范围内外，河南其他州府已尽数被闯军所得。
河南旱灾严重，虽然在临近黄河的大片区域有河水可以浇灌庄稼，而在豫西亦有肥沃的南阳盆地可以为之提供粮食。但因为闯军有着近四十万人的庞大规模，这粮草供应在总体上仍旧是供不应求。
基本上在闯军刚夺下济宁，阻断运河的同时，也是全国各地刚完成秋收的时刻。李自成以刘芳亮为主将，刘体纯为副将率领十五万大军，出南阳，目标直指大明的粮仓，湖广地区。