京师的动乱虽然仅仅持续了一夜，但因为很多身无分文的流民和有预谋的士卒参与其中，造成的损坏却是难以估量的。
首先，京师三大仓被烧毁了两个，明廷多年的储备差不多完全被清空。而这个，又牵扯出倒卖军需物资的巨大弊案，数不清的官员牵扯其中。
还有就是，六部衙门中的两个被洗劫一空，而另外四个也遭受不同程度的破坏。其他各府衙门，如五军都督府，五城兵马司，翰林院等也是差不多同样的情况。
民房被烧两万余间，百姓死伤近万人，其中官员就高达百余名。这些人中，有些是因为太富有而被流民盯上，家被洗劫，家人被杀。有些是因为听信了闯军入城的流言，在逃亡城外的过程中践踏至死。还有一些是因为周显下达了不计任何代价平叛的命令后，被平叛的士卒所杀。
等到第二日叛乱止息，士卒收敛的尸首就有两千具之多。
周显听从了李邦华的建议，愿意自动解除自己所掌控的兵权，以释造反的嫌疑。但在此之前，他做了一些事。
第一，周显率部抄了高起潜的家。既然乱，就让他彻底乱起来。在王德化那里能搜到那么多银子，周显不相信高起潜会白的像纸。果然，虽然他家的银子少于王德化家的，但也有近百万之巨。
第二，周显命孟越带锦瑟立即返回登莱，将这边的情况告于万元吉。后者跟随杨嗣昌多年，无论是在京师，还是地方，都有深厚的人脉。而且他混迹官场多年，肯定比周显更知道该如何处理这种情况。如果他能在登莱稍微呼应一下周显，也可让崇祯皇帝在处置周显时有所考虑。
第三，周显让周乾和他所带来的那部分禁军立即离开。禁军身份特殊，如果让崇祯帝知道自己和禁军有牵连，此事会更难解释。况且，周显不愿此事再牵扯上周乾。
第四，周显联系上了王先通，将自己掌控的士卒和从王德化和高起潜家中抄出的银子都交给了他。他是大明的伯爷，为人正直，也是此次事件中周显的暂时盟友。由他继续率领士卒参与平叛无疑是更好的选择，而由他将王德化、高起潜贪墨的证据披露出去，显然也能更能取信于人。
这之后，周显将今日发生的所有事情写成了两道奏折。其中一道是明面上发生的一切，可以拿去让众人观看的。另一道是周显个人的推测，能看的人仅限于周显和崇祯皇帝。他将这两道奏折都交给了李邦华，让后者带着它们入宫前去见崇祯帝。
本来，周显是想呆在神枢营中的监牢中等待朝廷的处置。但想到毛承明以及高起潜在三大营中的势力，放弃了这种选择。最后，周显仍旧是听了李邦华的建议，被暂时关在了御史台的监牢中。
御史台是纠察百官罪责的地方。只要进入御史台，想要定罪，就必须进入三司会审阶段。虽然到时候会麻烦很多，但因为李邦华是左都御史，在这里至少安全上有所保障。而御史台历来以直言闻名于世，是朝廷的言官。没有足够的证据，他们不会故意去冤枉一个人。
在这样的乱势中，功过难辨，三司会审最后很大可能会不了了之，而这恰好是对周显有利的地方。这次动乱，周显所做确实有很多不合法度的地方，但都并非大错。最后要受多重的惩罚，实际上只决定一人一手，那就是崇祯皇帝的态度。
在天色即将大明的时候，崇祯皇帝的使者姗姗来迟。
来人周显认识，名叫葛世振，和周显、魏藻德为同榜进士，在当日科举中高中榜眼。他文辞华丽，初被崇祯帝授职翰林院编修，后被崇祯皇帝任命为自己的日讲官，每日常伴君侧。这样的待遇令无数人艳羡，但和魏藻德的年提数级，周显的赫赫战功一比，顿时显得无比黯然失色。
崇祯帝勤政，每日都很晚才入寝。而葛世振作为他的日讲师，不时受其召见。为此，在外面发生动乱之时，他还在宫内。
王德化率兵出宫，在城外被直接射杀。高起潜心中恐惧，不敢出城。而王承恩带回的消息，又有点倾向于周显，让崇祯帝又有点怀疑他话语的可信度。而魏藻德是崇祯帝最为倚重的大臣，崇祯帝在局势未明的时候不愿派其出城。在这种情况下，与周显有点联系，但关系又不甚亲密的葛世振便被派了出来。
葛世振出城之后，领着一队士卒来回打听消息，最终得知了周显的动向。但到了御史台之后，他却惊奇的发现，周显正待在御史台的大牢之中，周围还有无数士卒看押着。周显认了自己行事缓慢，没有及时平叛的罪名，但对于其他，概不承认。
宫内盛传周显造反，而他自囚于监牢等于完全堵断了这种谣言。因为没有造反的人会那么蠢，愿意静静的等待朝廷的审查。葛世振看到这种情况，心中长舒了一口气，知道自己不仅性命无忧，还很好的完成了崇祯帝派发给自己的任务。
但周显却不愿随葛世振一起回宫向崇祯帝禀明一切，说高起潜会在途中谋害自己。葛世振无奈，只得请求李邦华随自己回宫。
李邦华左都御史的身份，在平时就可以直接进谏皇帝，而他又首先率部抵挡住了乱贼的数次进攻。作为这次事件的亲历者，他比任何人都更有资格向崇祯帝禀明一切，而这正是周显和李邦华最初所商议的。
李邦华首先进宫，等到局势彻底平稳下来之后，真正掌控京师三大营的王先通也被叫进宫询问情况。
但这中间错综复杂，却不是一两句话能说得清的。
但崇祯帝知道王德化和高起潜两家中竟然有数百万两白银之时，当即暴怒，立即解了高起潜的兵权，并让王承恩出宫去提周显入宫。而当周显到达宫中之后，局势又有了新的变化。