秦甘露七年（365年）初，因为关中有震感传来，苻坚宣布大赦并改年号为建元。
三月，燕太宰慕容恪、吴王慕容垂攻克洛阳，暂时取得对中原的控制权，继而以慕容筑为洛州刺史镇守金墉城，慕容垂领兵前往鲁阳坐镇荆州方向，慕容恪则向西进据崤谷、渑池，关中为之惊恐，苻坚亲自率军前往陕城防备。
而在正月，叛代的刘卫辰再次降秦，可到了七月，又与曹毂叛秦。
其实早在四年前（361年），因割据野王的吕护在燕、晋之间来回倒戈，双方围绕洛阳在中原展开连绵战事。而同一时期，刘卫辰亦是在秦、代之间反覆无常，早先他在杀死侄子自立为匈奴铁弗部首领后降秦，又因与秦国的边境摩擦，在求娶代王拓跋什翼犍之女后叛秦附代。
秦国西面是张氏凉国、白马氐杨氏建立的仇池国、西迁的鲜卑慕容部建立的吐谷浑，北边是鲜卑索头（因编发习俗得名）部首领拓跋猗卢建立的代国，东部是慕容氏鲜卑首领慕容皝建立的燕国，南方是永嘉南渡后定都建康的晋国。就这么个被敌对势力四面环绕的态势，别说没事都要时刻戒备，碰上燕军大举进入河南，朔方一带又发生叛乱，不早做准备的话肯定做不到迅速动员军队做出反应。
秦建元元年（365年）八月，曹毂、刘卫辰叛乱后仅一月，亲征的苻坚便在同官川击败拥众两万余越杏城南侵的曹毂，又迫其投降并迁徙部众六千余户安置到长安，刘卫辰也在木根山被前去讨伐的邓羌生擒。
长安附近本有大量中军驻扎，但在增兵秦、燕边境以及苻坚亲征后，兵力已抽调过半。而击败曹毂、刘卫辰后，苻坚又在九月率军巡行朔方以威慑诸胡，于是苻生幼弟征北将军、淮南公苻幼率杏城镇兵于十月趁机袭击长安，却被留守的护军将军李威击败后杀死，而辅佐太子苻宏留守的还有王猛，苻坚更时常告诫苻宏：“汝事王公，如事我也”。十一月，苻坚还师长安，封曹毂为雁门公、刘卫辰为夏阳公，仍命二人各自统领原来的部落。
而在苻幼反叛之前，苻生七弟汝南公苻腾已于秦甘露六年（364年）谋反被诛。苻坚夺位后，没有立即对苻生诸弟进行削弱，因为不论是登位前，还是在登位后，苻坚本人的志向都不局限于割据关中和统合北方，他的目标一直是混一天下。
基于这个目标，作为秦国核心统治力量的氐人人口却太少太少，胡汉对立的情形也不是一朝一夕就能扭转的，在达成融合之前苻坚所能依赖的只有氐人。一旦下令全面清除异己，那么势必在苻氏内部株连一大批人，所以苻坚不仅拒绝了王猛除去苻生诸弟中手握重兵者的建议，在叛乱平定后的处置上也相当克制。
但事态的发展并未如苻坚所愿，登位后他虽然重用王猛，但两人在施政理念上却是略有分歧的。王猛主张以重典治乱先恢复秩序，再革新制度从根源整治，作为施德政的前提条件，苻坚则是以身作则，减膳撤乐号召群臣节俭与民共休戚，由上至下缓缓改革。
事实很快证明，苻坚的举措不过是一厢情愿，一个国家法度不立、吏治腐败，他所施行的仁政根本落实不到百姓头上。于是以枋头西归之人聚集的长安西北门户始平县为起始，王猛明法严刑，剪除不法豪强和与之勾结的奸吏，又革新官吏考核制度作为督促。
而在这个过程中，与王猛庭争狂悖失言的姑臧侯樊世、酗酒行凶的已故强太后之弟特进、光禄大夫强德先后被论罪处死，尚书令仇腾、丞相长史席宝也因暗中谗害王猛遭贬斥，再加上此前苻法之死，苻生诸弟的心态哪里还能稳的住。
或许这就是一个顶级谋士的厉害之处了，苻坚不满二十便夺得大位，多少会有些志得意满产生的骄心，迫切想要证明自己亦是年轻人的通病。而王猛在意见相左的情况下，不仅做了实事表明他判断的正确，又照顾了苻坚的情绪。
苻坚看到王猛的施治成果后感慨说：“我到今天才知道天下是有法度的，天子是尊贵的”，主动成为王猛的坚实后台，而大局也被王猛一步步牵引着，按照他最初的设想方向发展。
苻幼举兵奔袭长安之前，曾秘密联系晋公苻柳、赵公苻双一同反叛，二人未及响应，苻幼便已兵败被杀，获悉此事的苻坚隐瞒下来没有公开，也没有进行追究。苻坚的仁慈本意是不想将有限的氐人口数浪费在内耗之中，就算苻双是他同胞弟弟，可一旦涉及权力的争斗亲情又算的上什么。
作为同一屋檐下长大的亲兄弟，苻双对苻坚的熟悉程度显然是苻幼所不及的，他会因为苻幼的传信而心生动摇，只能是其中内容对他产生十分大的触动。
苻坚的隐而不问反令苻柳、苻双更加不安，为了自保又串联了魏公苻廋、燕公苻武，秦建元三年（367年）秋因消息再次走漏，苻坚征召四公入朝。四人本就心疑哪里敢去，于是在十月同时发动叛乱，苻双据上邽、苻柳据蒲坂、苻廋据陕城、苻武据安定，相互约定共同讨伐长安。
而苻坚这边早早得知四公共叛的消息后，直到第二年（368年）正月才正式出兵，看起来似乎要凉的感觉，实际上却是利用中间这几个月时间行缓兵之计。
一边下令给雁门公曹毂让其派人去燕国朝贡，打探慕容恪病逝后的燕国内情，而曹毂的身份也使这个举动的意味十分微妙。曹毂是南匈奴右贤王有叛秦前科，又有六千多户部众被迁置在长安附近，通过曹毂、燕国、四公之间可能发生的消息往来，便能验证燕国是否会介入这次叛乱顺势伐秦，而曹毂所部在最恶劣局面出现时或可当做奇兵。
另一边苻坚遣使传谕四公，劝他们就此罢兵各安其位，并承诺一切如故不做追究，还以啮梨作为信物表示同心同德。这些举动对四公形成误导，他们自认为占据优势，于是全都拒绝了苻坚。