当南京城为织机与蒸汽机车争论不休时，格物院另一处相对僻静的院落内，一场关乎人命、更为隐秘却也更为艰巨的科技攻坚，正悄然进行。这里是由李时珍后人李仲景主持的“医药改良科”，其核心项目，便是林川依据模糊记忆指引、被王贞仪列为最高机密之一的“青霉素”研发。
与钢铁机械的轰鸣不同，这里的“工坊”充斥着各种草药、霉菌培养皿和蒸馏器具的气味。李仲景是个沉默寡言、眉宇间总带着一丝忧虑的年轻人，他继承了先祖对医药的执着，却面对着远比《本草纲目》时代更为复杂的挑战。项目启动已久，进展却如同在黑暗中摸索，缓慢而艰难。
“院判，还是不行。”李仲景指着几个培养皿，对前来了解进度的王贞仪低声道，“青霉菌生长极易杂染，提纯更是难关。按林师所言的‘低温萃取法’，我们尝试了数十种溶剂和滤材，所得之物，时有效，时无效，毒性亦不稳定。”他拿起一份记录，上面详细记载了几次动物实验的结果：“三只染创的兔子，一只因提纯物中毒而死，一只创口恶化而死，只有一只……似乎有好转迹象，但未能根治。”
王贞仪看着记录上那些冰冷的死亡数据和李仲景眼中深藏的疲惫，心情沉重。她知道，这看似不起眼的霉菌，若真能成功，将是活人无数的“神药”，但其研发之路，布满荆棘，每一步都可能意味着失败，甚至……牺牲。
“林师说过，此路必然艰难，欧罗巴那边据说也尚未成功。”王贞仪安慰道，但语气同样凝重，“关键在于找到稳定培养和无害提纯的方法。需要什么，格物院全力支持。”
李仲景点了点头，目光重新投向那些培养皿：“我已命人分三组，同时尝试不同的培养基配方和温湿条件。另外，我打算……亲自试试最新一批提纯物的毒性。”
王贞仪闻言色变：“仲景！不可！万一……”
“院判，”李仲景打断她，语气平静却坚定，“动物与人终究不同。若不知其于人体的反应，永远无法确定其是否可用。我是医者，亦是此项目主事，责无旁贷。剂量我会从极微开始，并做好万全防护和记录。”
王贞仪看着他决然的神情，知道劝阻无用。李时珍当年为编《本草纲目》，亦曾亲尝百草，冒险试药。这种为医道献身的精神，仿佛一种传承。她只能郑重叮嘱：“务必谨慎！若有任何不适，立刻停止！”
就在李仲景秘密进行人体毒性测试的同时，医药改良科的另一项“副产品”——基于更严谨提纯工艺的“金疮药改良版”和几种驱虫防疫药粉，因其效果确实优于市面常见药物，开始小范围供应给京营兵马和南京城内几家与格物院有合作的医馆。
这些成效引来了太医院一位院判的注意。这位姓孙的院判医术精湛，但思想保守，对格物院“插手”医药领域本就颇有微词。他派人买来一些格物院出的金疮药，仔细查验后，虽承认其止血生肌效果略好，却对其“来历不明”的提纯工艺和“不依古法”的配制流程大加抨击。
“医药之道，关乎人命，岂能如工匠造器般胡来？”孙院判在太医院内对同僚道，“《黄帝内经》、《伤寒杂病论》，先贤典籍汗牛充栋，足够我等穷尽一生钻研。格物院不循古法，妄图以奇巧之术另辟蹊径，此非进步，实乃歧途！尤其那李仲景，身为李时珍后人，不思继承祖业，反倒沉迷于培养什么‘霉’、‘菌’，简直是离经叛道！”
他的言论在太医院内引起了不少老成持重者的共鸣。一股无形的阻力开始形成，当医药改良科申请调用一些珍稀药材用于实验时，开始受到太医院或明或暗的掣肘。
更让李仲景压力倍增的是，他的首次微量试药，虽然未出现严重中毒症状，但却引发了明显的皮疹和短暂发热。这证明提纯物中确实含有对人体有害的杂质。他在实验记录上沉重地写下：“……第七批提纯物，于臂内侧皮试，两个时辰后出现红疹，微痒，伴低热，四个时辰后渐退。结论：杂质毒性犹存，不可用于临床。需改进过滤与沉淀工艺。”
放下笔，他看着自己臂上尚未完全消退的红疹，眉头紧锁。希望的曙光似乎就在前方，但那光芒周围，笼罩着浓厚的、可能致命的阴影。技术的阵痛，在医药领域显得尤为残酷和直接。
消息通过王贞仪传到林川那里。林川沉默良久，提笔给王贞仪和李仲景回了一封简短的信，信中只有一句话：“欲速则不达，安全第一。失败是成功之母，记录好每一次失败。” 他知道，在青霉素这条路上，没有捷径可言，唯有依靠严谨的科学态度和百折不挠的毅力。
与此同时，关于织机风波，议会民政委员会在经过激烈辩论和多方接触后，终于拿出了《工场管理暂行条例》的草案。草案没有一刀切地禁止新织机，而是规定了必须加装基本安全防护装置，明确了工匠每日最长工时和最低工钱标准，并鼓励东家与工匠签订更规范的雇佣契约。同时，草案也提出由议会、格物院和南京府牵头，尝试设立“织工转业技能讲习所”，教授一些与纺织相关的辅助技能或新兴行业知识。
这份充满了妥协色彩的草案一公布，立刻引发了各方议论。织工群体觉得保障仍不够有力，钱有财等商人觉得受到了约束，都察院李守俊则认为议会插手工场事务是“越权”。新一轮的博弈，又将开始。
科技的星火在多个领域顽强地闪烁，试图驱散旧时代的阴霾，但每一次闪烁，都不可避免地会照亮前路的坎坷与周围的暗礁。青霉素的研发，在无人关注的角落里，与织机、蒸汽机车一样，经历着属于自己的、沉默而艰难的阵痛。