外洋之讼的波澜稍平，一场源于内部、关乎“创新”与“垄断”界限的争议，又在南京城的工坊与市井间悄然发酵。这便是《大明商律》中悬而未决的“专利”条款，在具体实践中引发的困惑与冲突。
事起于南京城内一家名为“巧工坊”的木工作坊。坊主李德贵，是个心思活络的中年匠人，他深受格物院公布的某些力学原理启发，苦思冥想数月，对传统木工常用的“榫卯结构”进行了一番精妙改良，设计出一种结合了特定角度与凹凸咬合的新式榫卯。此榫卯不仅结合更为紧密牢固，且在某些特定构件（如桌椅腿与面框的连接）上，安装效率较旧法提升了近三成。
李德贵如获至宝，立刻依照《大明商律（草案）》中关于“工艺专利”的设想（虽该篇尚未正式颁行，但理念已流传），带着详细的图纸和一件样品，前往格物院机械部备案，希望能获得类似“专营权”的保护，禁止他人仿造。
格物院机械部主事赵士桢（已从蒸汽机车事故中恢复）接待了他。赵士桢仔细查验了图纸和样品，对李德贵的巧思颇为赞赏，但也面露难色。
“李坊主，此物确实精巧，于木工技艺有推进之功。”赵士桢斟酌着词句，“然《商律·专利篇》尚在争议之中，未有定论。格物院目前只能为你备案存证，注明此构思源于你处，并出具一纸‘技艺认定书’，证明此物确系新颖有用。但凭此文书，恐难以禁止他人仿制，除非你能证明他人是窃取了你的图纸。”
李德贵虽有些失望，但拿到格物院的认定书，依旧视若珍宝，回到坊中便开始大量制作采用新式榫卯的家具，果然因其牢固与美观，很快打开了市场，售价虽略高，仍供不应求。
然而，好景不长。不过月余，南京城内另一家规模更大的“鲁班坊”，便推出了几乎一模一样的榫卯结构家具，价格却比“巧工坊”低廉近两成。明眼人一看便知是仿造。
李德贵又惊又怒，拿着格物院的认定书和“鲁班坊”的家具作为证据，一纸诉状告到了南京刑部，指控“鲁班坊”坊主孙大锤“窃夺技艺，仿造牟利”。
此案一出，立刻引发了南京工商界的广泛关注。许多新兴的小作坊主和独立匠人站在李德贵一边，他们认为若无专利保护，自己辛辛苦苦的创新转眼便会被大工坊凭借资本和规模优势仿造挤垮，谁还愿意投入心血钻研新技术？而“鲁班坊”孙大锤及一些传统大工坊主、行会头目则持反对意见。
“木工榫卯，乃祖宗传下的手艺，千百年来皆是如此！略有改进，便要独占？天下哪有这等道理！”孙大锤在堂上振振有词，“他李德贵能做，我孙大锤为何做不得？莫非这榫卯之法，他申请了便成了他家的私产？此非鼓励创新，实乃阻碍技艺流传，与民争利！”
他的辩词，代表了许多守旧工匠和商人的观念：技艺乃天下公器，略有改良便欲垄断，是坏了行规。
都察院右都御史李守俊等人，再次敏锐地抓住了攻击新政的切入点。此次，他们不再直接反对“格物”本身，而是针对其衍生出的“专利”概念进行猛烈抨击。
“陛下！工匠之术，贵在切磋流传，方能日益精进！今有人欲以一己之‘巧’，便禁止他人习用同类之法，此非锢蔽智慧，阻碍百工进步为何？”李守俊在朝会上引经据典，甚至搬出了鲁班、“梓人传”等典故，“若此风一开，则将来各行各业，稍有改良便申请‘专利’，划地为牢，则技艺如何交流？物价如何平抑？此乃与‘格物致知’开放之本意相悖，实为商贾逐利之巧立名目！”
他们的攻击，将“专利”污名化为技术垄断和抬高物价的罪魁祸首，极易引发普通民众和保守工匠的反感。
议会内部，关于《专利篇》的争论本就激烈，此案更是火上浇油。支持者认为，保护创新者权益是激励格物精神的必要保障；反对者则担忧会导致技术壁垒，损害消费者利益和传统工匠生计。
案件审理异常艰难。刑部官员发现，很难界定李德贵的“新式榫卯”究竟是完全的创新，还是对传统技艺的“合理改进”。若是后者，则很难依据现有律法（《专利篇》未定）支持其独占权。
更麻烦的是，“鲁班坊”声称他们的工匠是“独立想出了类似结构”，并非抄袭。在没有明确法律界定和严密证据链的情况下，刑部难以断定孙大锤“窃夺”。
面对僵局，林川再次介入。他意识到，此案关乎未来技术创新的激励机制，必须妥善处理。
他并未直接指示刑部如何判决，而是采取了引导和推动立法的策略。
首先，他请王贞仪组织格物院相关学士，对“创新”与“改进”进行更细致的界定研究，尝试提出一套初步的、可供律法参考的“专利授权标准”，例如：是否具有“非显而易见性”？是否解决了特定技术难题？是否产生了显着的有益效果？
其次，他授意顾炎成等议员，以此案为契机，在议会加速《商律·专利篇》的审议进程。要求条款必须明确专利的授予条件、保护期限（不能是永久的）、以及强制授权（在特定情况下，如涉及重大公共利益）等平衡性规定，避免其真的成为技术垄断的工具。
同时，他让沈万三出面，尝试在商会内部进行调解。沈万三找到李德贵和孙大锤，提出一个折衷方案：由商会出面，确认李德贵对此项改良的首创地位，并给予其一定奖励；“鲁班坊”可继续生产此类家具，但需向李德贵支付一笔“技艺使用费”，费用由商会核定，既保障了首创者的利益，又避免了市场垄断。
这个民间调解方案，虽未能满足李德贵独占市场的初衷，但也为他争取到了实际利益和名誉，同时保证了技术的扩散和应用。孙大锤在商会压力下，最终接受了此方案。
刑部最终依据调解结果和现有律法精神，作出了一个模糊的裁决：承认李德贵的首创贡献，但不支持其完全禁止仿造的诉求，鼓励双方依民间调解方案执行。
此案虽未形成具有约束力的判例，但极大地推动了《商律·专利篇》的立法进程。议会内各方势力围绕专利的授权范围、保护力度、公共利益平衡等细节展开了更为深入和务实的讨论。
“专利之惑”如同一面镜子，映照出在制度复兴的道路上，鼓励创新与防止垄断、保护个人智力成果与促进社会知识共享之间，那微妙而复杂的平衡点。新制度的生命力，正是在这一次次具体的困惑与争论中，不断细化、完善，试图为帝国的创造力，搭建一个既能激励火花，又能防止燎原的规则框架。