1913年3月20日傍晚，上海沪宁火车站，宋教仁穿着一身灰布长衫，正与送行的黄兴、于右任握手道别。他刚结束南方五省的竞选演说，口袋里揣着国民党在国会选举中斩获392席的捷报，镜片后的眼睛闪着兴奋的光：“诸君放心，此番北上组阁，必能将‘责任内阁制’落到实处，让袁总统成为真正的虚位元首。”
宋教仁的才干，早在三年前就已显露。1910年，他在东京主编《民立报》，笔锋如刀，直刺清廷弊政；辛亥革命爆发后，他连夜起草《鄂州约法》，首次提出“行政、立法、司法”三权分立，成为后来《临时约法》的蓝本。孙中山曾说：“钝初（宋教仁字）才思敏捷，精通宪政，吾不如也。”
1912年8月，宋教仁以同盟会为基础，联合统一共和党、国民公党等组建国民党，意图遏制直指袁世凯的独裁野心。他不认同孙中山“武力讨袁”的主张，坚信“议会政治可以驯服强权”。在武汉演讲时，他站在阅马场的高台上，对着万余名听众说：“总统者，国民之公仆也，若其违法，国会可弹劾之，内阁可罢免之。”台下掌声雷动，而这番话，早已通过密探传到了北京新华宫。
袁世凯起初想拉拢宋教人。据《宋教仁年谱》记载，袁曾派人送去五十万银元支票，说“钝初先生家境清苦，这点钱权当补贴家用”，宋教仁原封不动退回，附信说：“公为总统，我为议员，各守其分，不必以私款相赠。”后来又许以“内阁总理”职位，宋教仁笑答：“若国民党胜选，总理之位自当由党员推举，非总统私相授受。”
的态度这种不卑不亢，让袁世凯动了杀心。北洋政府内务部秘书洪述祖在给上海青帮头目应桂馨的密电中写道：“宋教仁迭次演讲，锋芒太露，已危及大局，可设法处置。”（《宋教仁案证据汇编》）而宋教仁对此并非毫无察觉，临行前有人劝他“沪宁线治安混乱，改乘轮船为妥”，他却笑道：“共和时代，岂有政客因言论招祸之理？”
20日晚7时45分，月台上人声嘈杂。宋教仁刚踏上车厢的踏板，突然从柱子后闪出一个黑影。“砰！”枪声撕裂暮色，他踉跄着转身，看见刺客穿一件藏青色短褂，正混入逃散的人群。“抓住他！”于右任的怒吼惊醒了混乱，黄兴扑过去扶住宋教仁，只见鲜血从他腹部涌出，迅速浸透长衫。
“钝初！钝初！”黄兴声音发颤。宋教仁忍着剧痛，抓住他的手腕：“克强（黄兴字）兄，莫管我，快追刺客……我痛……”他被抬上救护车时，还在喃喃叮嘱：“别让人破坏了现场……这是证据……”
沪宁铁路医院的急救室里，煤油灯的光晕随着医生的动作晃动。主治医生沃克（美国人）剪开宋教仁的长衫，发现子弹从右肋射入，斜穿腹腔，伤及肠道。“必须立刻手术。”他对黄兴说，可当手术刀划开皮肉，鲜血仍止不住地涌。凌晨2时，宋教仁的呼吸渐渐微弱，他拉着守在床边的于右任，气若游丝：“于兄……我死后，务必查清真相……诸公……继续奋斗……勿负我志……”
3月22日凌晨4时48分，这位31岁的宪政斗士停止了呼吸。临终前，他留下三封遗书，一封致袁世凯，希望“总统开诚心，布公道，保障民权”；一封致国民党同仁，叮嘱“努力进行，勿以为念”；最后一封写给在日本的妻子徐宗汉，字里行间满是不舍：“吾妻见字，勿为我悲，善抚吾儿……”
消息传开，举国震动。上海《申报》用整版篇幅刊登宋教仁遗像，标题是“民国柱石之陨”；南京的学生举着“为宋先生报仇”的标语上街；连远在日本的孙中山也中断考察，急电国内：“钝初死，国亡矣！”
各界要求政府迅速捉拿凶手，弄清真相。3月23日，一个名叫武士英的失业军人在上海公共租界的妓院被巡捕抓获，他口袋里还揣着应桂馨给的“刺杀酬金”——三十块银元。更惊人的是，巡捕在应桂馨的公馆搜出一本密电码和几十封往来电文，揭开了惊天黑幕。
“正月初九，洪（述祖）致应（桂馨）：‘毁宋（教仁）酬勋位，相度机宜，妥筹办理。’”
“二月廿二，应致洪：‘已觅得武士英，忠诚可靠，若令其行事，必不辱命。’”
“三月十三，洪致应：‘事速办，款即汇。’”（《民立报》1913年4月连载）
这些电文将袁世凯政府的阴谋暴露在阳光下。洪述祖是袁世凯的秘书，而电文中提到的“款”，正是从财政部秘密拨付的。更耐人寻味的是，内务总长赵秉钧给应桂馨的电报中，有“手令已办”字样，虽未明说何事，但时间恰与武士英受命吻合。
武士英在狱中供称：“应桂馨说宋教仁是‘民贼’，杀他能得重赏，还能封官。”可没等庭审，他就在4月24日“暴毙”于看守所，官方说法是“突发急症”，但看守说“前夜有陌生人送汤药入狱”。应桂馨后来在保释后逃往青岛，次年在火车上被人暗杀，杀人者自称“为宋先生报仇”，后查明是袁世凯的特务。
真相虽未完全大白，但舆论早已判定“袁氏主谋”。梁启超在《大中华》杂志上写道：“宋案之酷，惨绝人寰，此非一人之死，乃共和之死也。”孙中山在上海召开国民党紧急会议，拍着桌子说：“法律解决之路已绝，唯有武力讨袁！”黄兴虽主张先“依法追责”，但在宋教仁的遗像前，最终点头同意——二次革命的导火索，就此点燃。
宋教仁的葬礼在4月13日举行，上海万人空巷，送葬队伍绵延十里。有人举着他起草的《国民党政纲》，上面“平均地权”“节制资本”的字样被雨水打湿；有人捧着白花，高呼“打倒袁世凯”；外国记者拍下这一幕，发表在《纽约时报》上，标题是“中国的民主殉道者”。
此时的袁世凯，正忙着销毁证据。他下令“严查造谣者”，查封刊登电文的报社，甚至暗示国会“宋案应内部处理，勿扩大事态”。当国民党议员在国会提出弹劾赵秉钧案时，北洋系议员以“证据不足”为由否决，气得国民党议员集体退场。
这场刺杀，成了民国民主进程的分水岭。原本相信“法律能约束权力”的知识分子，开始转向激进；孙中山从此认定“非革命不能救中国”，三年后在东京成立中华革命党，要求党员“绝对服从总理”，与宋教仁的“分权制衡”理念渐行渐远。