消灭了西班牙菲律宾舰队后，整个菲律宾的海域已经完全被太平洋舰队控制住。此役克里斯蒂娜号、卡斯蒂利亚号、唐－安东尼奥－德乌洛亚号、莱索将军号被击沉，唐－璜－德－奥地利号焚毁，古巴岛号、吕宋岛号、阿罗侯爵号和维拉斯科号受轻伤后投降被俘，曼达诺岛号运输舰投降被俘。西班牙共阵亡812人，其中克里斯蒂娜号自舰队司令蒙托霍少将以下共计425人全部阵亡，莱索将军号鱼雷炮舰150人全部阵亡，其他各舰受伤人数达517人。
太平洋舰队共中弹15枚，受伤11人，皆轻伤。
对于俘虏的军舰，林建章从其他军舰上匀出人来将其控制住，临时编入太平洋舰队巡逻舰队。
处理好一切后，太平洋舰队司令林建章中将同徐参谋长一起商量后给夏威夷的张云飞发去了报捷电报，同时附上战果和舰队损失情况，以及请示对于马尼拉的后续行动方案。
由于西班牙海军的实力在这一地区已经丧失殆尽，于是，林建章就在马尼拉附近海面抛锚，派出海巡艇对菲律宾群岛进行巡逻，使菲律宾防止外来的干扰。
然而几天后，德国远东巡洋舰队司令棣特利希率领的7艘德国军舰的意外抵达马尼拉使问题复杂化了。太平洋舰队司令林建章中将对于德国大批军舰的到来，不知其意图是什么。
出于本能的反应和在中法马尾海战中得到的教训，林建章立即下令整个太平洋舰队进入一级战备状态，锅炉储备蒸汽，不许熄火。
仔细观察了一下闯进来的德国舰队，通过情报以及询问后得知这支舰队有装甲巡洋舰德意志号和凯瑟琳－奥古斯塔皇后号，巡洋舰格希翁号恺撒号、亨利亲王号、阿卡娜号和卡麦隆号，总吨位两万八千吨。虽然林建章知道德国舰队的实力差太平洋舰队很远，但是也不可以掉以轻心。于是派人询问了德国远东舰队司令棣特利希。
结果知道德国舰队是要启程前往俄国海参崴访问，临时在马尼拉加煤的之后，林建章才稍微松了一口气。虽然德国海军远没有德国陆军强大，单毕竟德国这个强国还是很令人忌惮，尤其是他敢公开同英国较量海军是何等的威风，至少张云飞现在还不敢。
于是林建章便把德国舰队的动向和规模分毫不差的也上报给了在夏威夷的张云飞知道。
自从美国和张云飞同西班牙开战后，德国人一直在远东和南美洲寻找机会，一旦他们对菲律宾或者古巴等地不感兴趣，德国人就准备马上把它掠为自己的殖民地。遗憾的是，张云飞对菲律宾很感兴趣，而美国对古巴和波多黎各更感兴趣。
德国人见到张云飞的太平洋舰队已经取得了海战的胜利，同时摄于太平洋舰队的强悍实力，德国舰队只好放弃打秋风的念头，准备在马尼拉补给完毕就离开前往俄国海参崴。
好在张云飞的菲律宾远征军早已秘密从夏威夷出发。夏威夷本土舰队在海军副司令杜锡圭少将的率领下已于1897年6月12日驶入关岛阿普拉(apra)港，用大炮击毁了存在300年的古老要塞。
令杜锡圭惊讶的是这些古老的要塞炮早就无法使用了，不但没有士兵把守，甚至你都找不到在50年内使用过的痕迹。
“又浪费了不少炮弹，不知道元首会不会心疼！”杜锡圭微笑着说道。
之所以这么说，是因为一路行来，杜锡圭本着为元首打下一个大大的疆土的目标，见一个岛就先一顿炮击，然后登陆占领，马里亚纳群岛和加罗林群岛及马绍尔群岛都已经被杜锡圭打上了已经被占领的标语。
赵刚带领着部队登上关岛后没有遇到任何的防御和抵抗。于是直接包围了西班牙关岛总督府并且兵不血刃就占领了西班牙所属的关岛殖民地，等和关岛的总督进行审讯时，他竟然不知道已经爆发了战争。
杜锡圭和赵刚一阵暴汗。
随后，按照既定方案。赵刚将三师留守关岛，关岛的总督暂时由三师长王力风少将担任，同时将大批的军用物资存放在这里。为了不让三师的官兵闲着无聊，赵刚给王力风少将下达了在关岛修建防御体系，包括重建关岛要塞和扩建阿普拉港的任务。
为了加强关岛的巡逻和早期预警，赵刚要求三师长王力风少将首先搭建大型的无线电联络站，用以同舰队取得联系。同时本土舰队司令杜锡圭少将则把两艘海巡艇留在了关岛，负责对外警戒任务，为关岛提前预警。
处理完关岛的相关事务后，杜锡圭和赵刚二人立刻带着舰队和远征军赶往马尼拉城，因为他们已经接到了太平洋舰队消灭了西班牙菲律宾舰队并控制了整个菲律宾海域的消息。
‘接下来就要看咱么陆军的了！’一想到即将参加真正的战争，赵刚心中是即紧张又欢喜。
北京紫禁城养心殿门外此刻站着一大群宫女和太监，在大总管李莲英的带领下正焦急的等待着。
不一会儿，只听着呜呜的声音从远处传来。听到声音的李莲英心中一喜，知道是慈禧太后打颐和园回来了。而他身后的宫女太监们显然对这个声音极为熟悉，纷纷排好队形恢复严肃的表情。
果然，先后有三两外观豪华的小汽车打宫门外开了进来，不一会儿就到了李莲英所在的位置。
这时，李莲英急忙跑到第二辆车的后车门处，小心的将车门打开。
“太后吉祥！”李莲英发嗔的喊道。
这时，车内的慈禧太后将手从车内先伸出来。李莲英急忙把他的手腕伸过去让慈禧的手搭在上面，同时说道：“太后您慢点！”
下了车的慈禧说道：“小李子，你还别说，这洋车跑的既快、坐着又舒坦。”
李莲英急忙说道：“那太后您以后到万寿寺拈香礼佛就都坐这个洋车吧！”
边走着慈禧边说道：“嗯！那倒是好。不过哀家听说这洋车价格不菲啊！”
见慈禧终于问起这车的价格来，李莲英正好赶紧为张云飞打广告，谁让他收了钱了呢？
于是说道：“太后放心就是，这洋车都是张云飞特意为您定制的，是全天下最好最舒坦的洋车了，也只有您有这个资格使用，呵呵！”
慈禧见李莲英这么说，心里也很得意。于是说道：“嗯，算这小子还有点孝心！”
听到慈禧提起张云飞了，李莲英急忙接话道：“太后说的是，张云飞对您是最有孝心的了！不但送洋车，还……”
“好啦，也不知道你收了张云飞多少好处，抽个空你就帮他说好话！”慈禧故作生气的打断李莲英的话。
李莲英急忙为自己辩护道：“太后，奴才可是不敢啊！奴才……”
“好啦！”慈禧再次打断李莲英的话，同时问道：“你那点破事哀家也懒得管，说正事吧。哀家这么急着回来就是询问皇上为张云飞开辟港口一事。”
知道慈禧太后一旦问起正事，李莲英就不敢再说别的了，急忙回答道：“喳！奴才得到两广电报，说是突然得到皇上的800里加急公文，要求东南各省的督抚挑出一个沿海港口借给张云飞作为补给的地儿，请太后您定夺。”
“嗯，看来皇上是着急了啊！这么大的事儿直接跟地方督抚联系，都不让哀家知道！”慈禧沉着脸说道。
“各省督抚们都知道皇上年轻，这回恐怕是想让张云飞回来，毕竟张云飞这两年在海外混的还不错，不过大事还得让太后来拿主意。”李莲英笑笑说。
李莲英这么说，慈禧倒是很高兴。自从发动政变以来，慈禧对于权力特别看重。别的事情她可以妥协，但是若是触动她的权力的话，那就没的商量了。
如今的光绪帝正在不断的靠近慈禧太后的最后底线。于是慈禧说道：“你给他们回个信儿，开辟港口的事情哀家准了，就先由着皇上吧！至于让他回来的事情，暂时不要提了。”
李莲英一听慈禧不希望张云飞回来，心中疑惑。于是问道：“太后为何不让他回来？虽然他的实力和野心都很大，可是只要有太后在上面震着，是不会翻起多大风浪的。”
看了李莲英一眼，慈禧笑着说道：“你太想当然了，张云飞虽然已经不是以前的那个无恶不作的纨绔子弟了，但是他一个嫩雏，如何能同那些老奸巨猾的督抚们斗？若是一旦回来，立刻便是众矢之的。虽然他有军权在手，但是治国不是靠武夫，是靠一张嘴。若是这些督抚们要张云飞交出他的兵舰军权，你让他怎么办？造反？那样的话大清就乱套了，还不如让他在外面折腾去呢!”
李莲英听明白了，看来张云飞是暂时回不来了，原本还想着等张云飞回来多收刮点钱财呢！看来是泡汤了。
今天对于张云飞来说是个幸运的日子，从上午接到满清军机处的电报，说光绪皇帝已经同意开辟澎湖作为张云飞的临时补给基地。
张云飞原本是想要广州湾（湛江军港）作为补给基地的，可是这些两广和福建的督抚们又不是傻子怎么可能给他，要是张云飞赖着不走，他们岂不是惹火烧身。于是便把没啥油水的澎湖作为交差给了张云飞，即使张云飞赖着不走，也没关系，到时候只要福建和台湾掐断补给，澎湖就失去作用了。
张云飞是典型的不挑食那伙的，你给啥咱就要啥，有总比没有强吧。
第二个好消息是杜锡圭和赵刚安全的到达关岛，并占领。对于他们见一个小岛就占一个小岛的做法，张云飞只是置之一笑。
‘把所有的岛屿都占了，我才高兴呢！’张云飞高兴的想着。
第三个好消息是林建章率领的太平洋舰队以极小甚至可以忽略不计的代价全歼了西班牙菲律宾舰队，为张云飞下一步全面攻占菲律宾群岛奠定了基础。虽然对于打败西班牙的舰队早已是板上订钉的事，可是听到胜利的消息还是格外的高兴。
不过后面的消息却让张云飞紧锁眉头了。
德国七艘军舰突然出现在马尼拉湾，让张云飞警惕起来。虽然林建章报告说这支德国舰队只是在马尼拉做临时停靠补给，但是张云飞想着不是那么简单。
德国舰队在亚洲没有海军基地和自己的港口，何况突然来了这么多军舰肯定有目的的。即便是去俄国访问，也用不着去那么多啊！
于是张云飞又重新对远东的态势进行分析。确定了德国海军肯定是想在这次战争中捞点好处的想法。他们的七艘军舰虽然是打着路过的旗号，可是目前还呆在马尼拉就是看张云飞对菲律宾有没有占领的兴趣，一旦张云飞稍微露出丝毫松动的话，他们必将出兵掠夺菲律宾。德国太需要海外殖民地了，否则也不用同英国爆发世界大战了。
好在张云飞的远征军早就秘密出发，如今已经抵达马尼拉的吧！
‘就让你们这些德国佬干眼馋去吧！’张云飞心中得意的说道。
这时，张云飞好像突然想起了一件事情。德国一直要求自己尽快返回大陆，然后帮他们弄个海港，好像他们已经盯上了胶州湾。他们的皇帝威廉二世不会是等不及了，自己出手抢夺胶州湾吧！
可是那是以前的历史了，如今北洋水师并未全灭，北方依然拥有海防，德国强占的话，势必会和北洋水师冲突的，搞不好是要开战的。
不好！张云飞突然意识到事情的复杂。原来的历史就是德国和俄国，还有法国几乎是同时强占了胶州湾、旅顺和广州湾，难道那不是偶然！是他们之间的秘密协定。想到这里张云飞立刻向情报室要了一份关于最近德国、法国和俄国的情报。
经过分析后，张云飞认为他的猜测可能会发生。
原来俄国的远东舰队自去年强行进入胶州湾过冬后，直到现在还未离开，清廷几次同俄国交涉均不得结果。无奈下清廷派李鸿章为全权大臣出访俄国圣彼得堡，借着为俄皇尼古拉二世加冕典礼之机，向俄皇提出让俄国舰队退出胶州湾的要求。
可是俄皇尼古拉二世却以帮助满清将日本驱逐出朝鲜替满清阻挡了来自日本的直接威胁为理由，要求李鸿章给俄国报酬。于是提出了将胶州湾租借给俄国25年的要求，李鸿章对于俄国的漫天要价显然是不同意。于是俄国又坐地还钱要求满清同俄国建立军事同盟关系，共同防御日本的威胁。对于这个李鸿章显然十分乐意，于是同俄国签署了《防御同盟条约》（即中俄密约）。作为对李鸿章的报酬，俄国将远东舰队撤离胶州湾，并贿赂李鸿章300万卢布，作为俄国日后修铁路时得到清兵配合的通行证。
具体的内容张云飞的情报部门无法获得，但是大致的条约框架还是有一些的。例如日本如侵占俄国远东或中国以及朝鲜土地﹐中俄两国应以全部海﹑陆军互相援助。开战时﹐中国所有口岸均准俄国兵船驶入，为使俄国便於运输部队﹐中国允于黑龙江﹑吉林地方接造铁路﹐以达海参崴﹐该事交由华俄道胜银行承办经理。无论战时或平时﹐俄国都可通过该路运送军队军需品。有效期十五年等。
张云飞看完就知道李鸿章被俄皇骗了，因为从内容上看，这完全就是一个防御性质的同盟条约。俄国的目的显然不是共同对付日本，因为俄国自己就有足够的实力应付日本，满清的战力一旦开打就是一个甩不掉的包袱，根本用不上。俄国的目的根本就是为了修建侵略满清的铁路，一旦这条铁路和俄国远东铁路完工的话，东北就落入俄国的嘴里了。
同时，战时允许俄国兵舰进入港口这条显然是另有目的的，因为历史上俄国在德国强占胶州湾后，就是打着这个旗号强行开进旅顺军港，占领了旅顺和大连的。
‘李鸿章真的老了，连对方这样明显的目的都看不到！’张云飞心中给李鸿章打上了‘old’标记。张云飞心里早就把他当成这个时代的人了，可是却忘记了这种对于历史的远见之名又有几人能达到张云飞这个未来人的水平呢？他太高估这个时代的人了。
另外，德皇威廉二世和法兰西第三共和国总统弗朗索瓦－菲利－福尔（franoisfélixfaure）亲自前往莫斯科参加俄皇尼古拉二世的加冕典礼，不可能只是前往道贺，因为德国自从俾斯麦下台后，对俄国的关系已经不再那么看重了，甚至又回到了敌对，只不过现在俄国的主要心思还在远东，所以矛盾还没有激化而已。一旦等到俄国在远东失败后，从新回到欧洲争霸时，他们就会成为死敌。
法国因为是德国的世仇，因此联合敌人的敌人就成为了法国队俄国的既定方针，因此法国肯定是会同俄国穿一条裤子的。
显然威廉是别有用心的，结合德国派出的庞大舰队到远东来看，不是联合俄国对日本下手，就是对满清下手。
而最有可能的就是对满清下手了，因为满清经历了同法国、日本的战争后，他的纸老虎军队和一心出卖利益卑躬屈膝求和的朝廷，让所有的列强都看到了再次瓜分满清的希望。
考虑到自己目前被菲律宾战争拖住了，无法对德国、法国和俄国在远东地区进行干涉。于是张云飞立刻给位于菲律宾前线的海陆军发去了新的作战指示。
海军立刻分批前往香港和上海抓紧时间对军舰进行检修和保养，远征军全力进攻马尼拉，争取在短时间内拿下马尼拉，迫使西班牙军队投降。同时命令菲律宾狼穴组织配合海陆军加大力度拉拢菲律宾本土亲华势力，对于中立的其他的势力保持安抚，对于反对势力坚决血腥镇压，必要的时候允许特殊手段。
所谓特殊手段就是列强在每占领一块殖民地后，所进行的大规模的屠杀令。历史上美国在打败西班牙占领菲律宾后，在历时3年的美菲战争中，共使用过12次特殊手段来血腥镇压菲律宾游击队，屠杀共计92万菲律宾反抗族群势力，最终才迫使菲律宾反抗组织放弃抵抗。
不过菲律宾人对于白人没有一丝好感，因此张云飞对于菲律宾的占领相较西班牙和美国等白人的统治来说，阻力要小的多，最起码处于上层统治地位的华人和华裔菲律宾族群就不会反抗，反而还会大力支持张云飞的统治。再加上过半的亲华菲律宾族群的默许状态下，使得张云飞在短时间内完成对菲律宾的占领和统治成为了可能。
公元1897年6月20日，由夏威夷本土舰队护送的菲律宾远征军抵达马尼拉外海，在那里太平洋舰队司令林建章中将将太平洋舰队平均分成两个分舰队，第一分舰队交由本土舰队司令杜锡圭少将指挥，连同本土舰队一起担当菲律宾群岛海防任务和对陆军的支援任务。而林建章则带领第二分舰队连同缴获的几艘西班牙舰艇一起前往香港和上海进行检修和保养，同时对朝廷提供的澎湖补给基地做下调查和安排。
德国舰队见张云飞的陆军都已经到达，知道没有打秋风、捞油水的可能了，于是补给完毕就离开了马尼拉湾，北上海参崴。
于是在林建章离开后，杜锡圭率舰队掩护远征军于22日凌晨在马尼拉城外西南方向的甲米地浅水区，实施了抢滩登陆作战。不过虚惊一场而已，因为马尼拉面向海区的炮台早就被摧毁，而西班牙军队对于上次炮击的恐惧依然记忆犹新，眼睁睁的看着远征军毫无顾忌的登陆。
6月27日，由赵刚率领的远征军共计三万多人完成了登陆，并构筑起对马尼拉城的全面包围的工事。而西班牙军队则全部从周围地区撤军，龟缩到马尼拉城附近准备做最后的抵抗。