长沙岳麓书院有对联曰：“惟楚有才，于斯为盛”，孙稷侠在组建新军时，却偏偏苦于手中无才而夙夜兴叹，好在其善于发挥主观能动性，不惧困难。
甲秀军全军六千人，按照新兵入伍时体能和武艺的测试情况，孙稷侠将其编为了四个营，踏白营、飞熊营、奔虎营和神鸦营。其中踏白营为骑兵，兵额一千人，这一千人都是手脚灵活、身体强壮，且家中有过饲养驴牛马等牲畜经验的新兵组成，是孙稷侠千挑万选出来的精锐；
至于马匹，由于湖南缺马，朝廷手里更是早就没有了战马储备资源，孙稷侠不得不花费重金从民间和商贩手中购置了七百多匹马，勉强拼凑了这只踏白骑，先搭建起骑兵的架子再说，所以这只踏白骑不可谓不是孙大人手中的心头肉。
踏白骑营官叫赵清淮，乃潭州的世家子弟，祖上是出师北伐、端平入洛、收复三京的南宋名将赵葵，赵家在明朝弘治、嘉靖年间也是将星辈出，赵清淮的曾祖父赵盈追随圣人王阳明平定宁王之乱，弘治帝以南赣总兵彰其功劳。
其祖父赵显平定瑶族之乱，官至偏沅总兵，赵家一门两总兵，在潭州也是显赫一时的家族，只不过到了赵清淮这辈早已家道中落，赵父随洪承畴征战辽东时，中清军箭矢而亡，本因获得朝廷抚恤，但偏偏洪承畴降了清廷，致使烈皇雷霆大怒，赵父和赵家也因此被牵连无法得到应有的追授和抚恤，所以赵清淮恨透了洪承畴，恨不得寝其皮啖其肉。
此次其听闻孙稷侠在潭州招募新军，赵清淮毫不犹豫就应征入了队伍。而赵清淮出身将门子弟，从小练习战阵武艺，最重要的是弓马娴熟，新军中紧缺骑战将领，孙稷侠爱惜人才，遂破格提拔赵清淮为踏白骑营官，乃正五品守备武将官阶，赵清淮入伍才半月就成了营官，一时之间成为了甲秀军中的风云人物，风头直追飞熊营主官李玉承。
飞熊、奔虎两营步军，兵额每营两千人，共计四千人，乃是孙稷侠选拔新兵中身体强健者而成，队哨之中优先同村同乡者为一什一队（一什十人，一队五十人），这样做的优点就是增强了基层什队的战斗能力和默契度，缺点也有，那就是容易形成小山头主义，因此孙稷侠针对这点制定了严苛军纪军规进行约束，而且孙稷侠对小山头主义不以为意，某位伟人讲过：党内无派，千奇百怪。这说明不管是在哪个时代，小山头主义是永远存在的，只要这个主义不影响战场取胜，孙稷侠也由他去了，况且全部打散编组就不会形成山头主义了吗？当然不可能。
飞熊营主官是由提督府守备李玉承担任，李玉承上任前夕，孙稷侠对其殷殷嘱咐，希望李玉承能将飞熊营带成精锐之兵，李玉承自是知道孙稷侠的殷切希望，他对孙稷侠割发起誓道：“不成强军，犹如此发”，古人信奉身体发肤受之父母，不然满清的剃发令也不会激起汉人的反抗，所以李玉承的这个誓言是相当之重的。
奔虎营主官是原分驻潭州府的守备官杜怀仁，原本孙稷侠是不想在新军中掺入其他明军将领的，但是孙稷侠在考察完潭州、衡阳、岳阳三州府之后，发现潭州府守备杜怀仁的历任表现可圈可点。
今年四十五岁的老杜，先后参加了数十次镇压高闯王、张献忠、李自成等农民军战役，其中，潼关一战，杜怀仁在孙传庭军中，所率一营官兵为选锋，打得李自成的前军直接崩溃，导致前军反卷，致使李自成不得不率十八骑突围至陕南商洛山，战后杜怀仁本应论功当赏，但是其却因看不顾其上官抢功，将其暴揍一顿，军中殴打上官乃大忌，于是杜怀仁不升反降，由营官变成了把总。
老杜就是这样直率的一个陕西汉子，看不惯世间的不平之事，后来兜兜转转历经世事，终于被南京弘光朝廷放在了潭州府当一个地方守备，老杜也看透了这黑暗的官场与腐朽的朝廷，自上任潭州后，就只是寄情山水，不再过问官场。
这次还是孙稷侠巡视潭州守备营后，发现杜怀仁练的兵都不错，军纪严明，令行禁止，但因为朝廷发的给养不足，部众看起来营养不良。孙稷侠在查阅完杜怀仁的履历后，当即将其调入新军充任奔虎营营官，其一千潭州兵被孙稷侠改编成提督标营，成为提督府直辖部队，其军饷待遇全部补发到位，孙稷侠的举动让这一千潭州兵军心大振，纷纷夸赞提督大人是个好官，杜怀仁也耳目一新，性情直率的他当即称孙大人乃其二十年从军中未见之青天！
神鸦营是火器兵，兵额一千人，都是体魄稍弱于前面三营的新兵，因为火器运用，不需要非常强壮的身体，只需懂得操作火器，并且能听从号令就行。
神鸦营士兵所使用之火器乃是孙稷侠搜刮了潭衡岳三地兵库，最后还发信函要到了堵胤锡的兵部，才凑齐了三千多支六七成新的火绳枪和十门虎蹲炮，孙稷侠就用这三千多支火绳枪和虎蹲炮组建了他的神鸦火器营。
营官是孙稷侠从兵部要过来的一个名叫关星河的员外郎担任，原本人家是不愿意来的，但是孙稷侠听说关星河懂得火器制造、使用等技术，二话不说就直接写密信给朱聿键，以监国的名义让兵部将关星河送到了甲秀军中来当这个营官，于是关星河就此由文转武，成了一个军汉。
新军四营初建，虽然孙稷侠哄哄骗骗、费尽心思将各营主官组建整齐了，但由于长沙朝廷是军事极弱的政权，孙稷侠根本找不到新军的基层军官骨干，而且他也不愿从其他部队里抽人过来组建基层的军官骨干团队，他对这个时代明军军纪败坏的成见已经根深蒂固，孙稷侠认为抽其他部队的基层军官过来肯定会败坏整个新军的风气，这是他不愿看见的，孙稷侠对这只由他一手建立的新军抱有极大的希望，他希望将甲秀军打造成一只军纪严明、敢战能胜的煌煌之师。
所以针对基层军官紧缺的问题，他采取以训代战、战训结合的方法进行选拔基层军官，凡是在日常训练中训练优异的新兵，经上官考核成绩优异者，就可以被提拔为什队长级；什队长级别训练优异者，经所在营官亲自考核优异者，提拔为哨官长，依次类推。
克服了重重困难，倾注了孙稷侠无数心血的这支甲秀军终于走上正轨。