林丹汗在东北取得一系列胜利，吞并了扎赉特部和阿鲁科尔沁部，顺利进入到海西女真和东海女真的生活地域，从北面威胁建奴后方。
同一段时间，奥巴、孔果尔为首的科尔沁部趁巴林部、阿巴噶部和大、小桑阿尔寨等部大战两败俱伤之时，突然发动袭击，吞并巴林、阿巴噶两部，强行取消了这两个古老的蒙古部族名号，并消灭了与之有分歧的大、小桑阿尔寨一派，将他们的牛羊人口全部瓜分。
正可谓是，鹬蚌相争渔翁得利！
随后，奥巴、孔果尔等人原地休整了一些时日，收集各方情报，分析形势，商量一番，认为现在漠南蒙古左翼一带各大势力斗法，战事频繁，已经不适合他们生存发展了，便决计西迁。
路上，想着察哈尔的精锐主力被林丹汗带走了，在路过归化城时便想趁机捞一把。先是将归化城团团围困，派人到城下索要金银牛羊女人，遭到拒绝后便发动攻城。
林丹汗的儿子额哲率领族人齐心协力，坚守城池，死战不退。科尔沁部围攻三天，损兵折将。随着宣大军从大同姗姗来援，奥巴、孔果尔只能带着人马撤围遁走。
随后在黄河河套一带休整，期间收编了许多之前被林丹汗击溃的土默特、鄂尔多斯等部的人马，其中孔果尔的儿子额森便收编了一支游散在外只有数十人的骑兵，这支骑兵的头领名为虎哲。
然后一路向西迁徙，后来还突破了大明陕西的边防，进入到青海一带……
……
在曹文诏的指挥下，朝廷顺利平定江南叛乱。
朱由校下旨：
正式设立“凤阳军指挥使司”，编制“凤阳军”，迁上直军虎贲营师长陈千军为凤阳军指挥使司指挥使，任命吕辟疾为指挥同知、刘肇基为指挥佥事；
改组南直隶、浙江等地原有卫所，扩建“下直军指挥使司”，扩编“下直军”，迁上直军勇卫营师长李授成为下直军指挥使司指挥使；
随后，在军机处的安排下，五军营班师回京，卢象升率天雄军回河南，左良玉整顿湖广卫所官兵，重兵屯驻在湖广郧阳、荆州两府。
大明东南大局趋于稳定，江南财税重新掌握在手，朝廷将目光转回西北。
当初，卢象升率领天雄军在开封、河南两府取得大捷，迅速光复河南，以高迎祥为主的大量义军逃回陕西。不久之后天雄军南下帮助登莱军平叛，孙传庭在山西组建的晋绥军势单力孤，也不敢贸然孤军进入陕西，使得陕西的各支农民起义军获得了非常长的喘息之机。
在朝廷忙于平定江南叛乱、整顿东南的近两年时间中，陕西局势发生了巨大变化。
在延绥镇边军叛乱、张辇和朱童蒙放弃延安府后，陕北彻底变成了起义军的地盘。罗汝才以延安府为根据地发展壮大，逐步控制了整个陕北。
活跃于平凉、庆阳两府的马守应稳扎稳打，一步步发展壮大，逐渐不满足于现状，不时袭扰巩昌府、凤翔府、西安府一带的官军。
现任陕西巡抚杨鹤无力保护关中地带，临洮知府陈崇虞和巩昌知府刘文琦在长期得不到朝廷支援的情况下只能自力更生，便邀请张辇前来领军。
张辇和朱童蒙在环县被罗汝才和马守应两面压迫，手中又只有几千残兵，也是难以支撑，所以在收到邀请后便立即放弃环县，去往临洮府。
陈崇虞和刘文琦多次上书朝廷为张辇请求三边总督和镇守陕西总兵官的职衔，但发往京师的奏疏始终未能得到回复，手中也没有三边总督或陕西总兵的官印，使得张辇的处境比较尴尬。
首先是宁夏镇边军。原宁夏总兵杜文焕援辽后，其子杜弘域代为宁夏总兵官，而后陕西乱局加剧，杜文焕旧病复发留在京师养病未能回归宁夏镇，杜弘域就一直留在任上了。之前张辇都需要宁夏镇的支援才能勉强守住环县，现在跑去临洮府又没有得到朝廷的正式任命，杜弘域自然是不愿意听从张辇的调遣。
然后是固原镇边军。固原总兵杨麒更自以为是，自认为级别和权力高于张辇，也不接受陈崇虞和刘文琦的建议。
最后是困守西安府的杨鹤。杨鹤不谙军事，招抚、诱降策略无成效，倒使得各路义军愈发壮大。第一次关中之战后，明军官兵损失惨重，幸好杨鹤有自知之明，提拔重用刘应遇、刑千言等人指挥作战，才堪堪守住西安。
当然也不全是坏消息。
首先是甘肃镇边军。被朱由校贬谪巡抚甘肃的施凤来虽然没什么节操，和柔媚世、依附权贵，但他可是丁未科榜眼，才高八斗，不是一无是处的庸人。最主要他是纯正阉党，很是听从皇帝和魏忠贤的话。一上任甘肃就整治府吏、大力赈灾、安定民生。
时任甘肃总兵官张显谟虽然不是阉党，但当他看到施凤来御灾扞患、兴利除害，把河西各地治理得井井有条时，也是由衷佩服。且施凤来上任后不久就去兰州，连唬带骗竟然从肃王朱识鋐手中弄来了一批钱粮填补边军的欠饷，所以甘肃镇将士很是愿意听从施凤来的调遣。
施凤来巡抚甘肃，其实也就成为陕西行都指挥使司所辖区域的总负责人，所以他不想让农民起义军的战火烧到自己的辖区，而让临洮府、巩昌府挡在前面无疑是很好的选择，所以他很愿意支持张辇的统兵。张显谟把甘州左、右卫派遣到兰州听从张辇的号令，并命令西宁卫、庄浪卫随时支援河东战事。
然后是延绥镇副总兵贺虎臣及守备贺人龙。他们在延绥镇兵变时带着数百亲兵杀出一条血路逃到关外，然后去到宁夏镇。贺虎臣当时是延绥镇最高指挥官，属于是御下不严、以致兵变，这可是杀头的重罪。杜弘域深怕俩人会牵连到自己，只能给了他们一些钱粮，礼送出境。
贺虎臣和贺人龙也知道自己身上的罪责，知道没有人愿意收留他们，只能跑到巩昌府北部、平凉府西部和靖虏卫一带打打当地的小支义军，抢夺粮食过活。后来与撤出环县的张辇和朱童蒙相遇，便一起前往兰州。
到了兰州之后，陈崇虞、刘文琦便把军事指挥权交给朱童蒙。朱童蒙是贺虎臣、贺人龙的老上司，之前对延绥镇官兵也是多有照拂，所以两人都是以朱童蒙马首是瞻，而朱童蒙军事上都是听张辇的，于是张辇成为陇西大明官军实际上的最高指挥官。