1900年6月3日，获悉联军动向的太平天国军务制置院议事堂里，魏宣武和军务制置院理事以上官员召开紧急军事会议，特邀政务院李鸿章、魏家华、傅兰雅、詹天佑、孙中山参加。当晚，军事会议作出决定，驻河北第一陆军师、紧急征调机车、货车等，通过铁路、公路迅速向天津集结迎击联军；驻热河第一独立骑兵旅配属于第一陆军师集结于天津；河北省纵队及各地支、大、中、小队择有利地形进行准备，各自为战、保存自己、杀伤敌军；天津港要塞部队及海岸警备第一旅全面备战，关闭航道，急调布雷艇三艘布设水雷，设置障碍物，务求挡住联军一月以上；驻京畿第五内卫师及独立骑炮旅集结于廊坊，作为第一陆军师的援应部队；后勤军司令部抽调驻京畿地区的第一辎重师和驻河北的第二辎重师作为天津港前线后勤保障部队；各大主力舰队务求歼灭各国牵制舰队，然后集结于大连港、威海港，封锁渤海湾，全歼联军舰队；潜战部队的八十艘潜艇配置于青岛港，组成十个小分队轮流在渤海湾附近攻击联军后勤运输船队，待主力舰队到达后加入攻击联军舰队；东北第二十一、二十二、二十三陆军师、第五独立骑兵旅、第六独立骑兵旅、第七骑兵旅、第六独立炮兵旅、第七独立炮兵旅、第八独立炮兵旅、第四十五辎重师、第四十六辎重师、第四十七辎重师、第四十八辎重师、第四十九辎重师、第五十辎重师、第五十一辎重师、第五十二辎重师、第五十三辎重师、第五十四辎重师与外东北的第二十六陆军师、第五十七辎重师、第四独立骑兵旅、第四独立炮兵旅共同组成西伯利亚军，抽调人员组成军部，古大力兼任军长，集结于伊犁，相机攻取整个西伯利亚。西藏第十七陆军师、新疆第十八陆军师、四川第十九陆军师、第三独立骑兵旅、第五独立炮兵旅、第三十三辎重师、第三十四辎重师、第三十五辎重、第三十六辎重师、第三十七辎重师、第三十八辎重师组成印度军，抽调人员组成军部，秦汉兼任军长，以拉萨为总基地，一路强行军至拉达克、锡金、不丹三处集结，相机夺取整个英属印度；第十二陆军师从缅甸攻取英属印度的孟加拉地区；第十陆军师从暹罗攻占法属老挝；第十一陆军师从越南攻占法属柬埔寨；组建海外军部，关保为军长，集中第五陆军师、第六陆军师、第七陆军师、第八陆军师、第九陆军师、第二独立骑兵旅、第九独立炮兵旅、第十独立炮兵旅、第四辎重师、第五辎重师、第六辎重师、第七辎重师、第八辎重师、第九辎重师、第三十一辎重师、第三十二辎重师于库页岛，既可配合西伯利亚军对俄作战攻取鄂霍茨克港，又可乘军舰抵阿拉斯加登陆攻入美国；驻夏威夷省的第三十陆军师、第五十海岸警备旅、珍珠港要塞部队一级战备；驻古巴第二十四陆军师及第四十海岸警备旅、古巴哈瓦那要塞部队、驻菲律宾第二十五陆军师及第三十海岸警备旅、菲律宾苏比克湾要塞部队、驻日本第二十七陆军师及第十独立骑兵旅、驻日本第十一辎重师、驻日第二十警备旅、驻日第十警备旅、横须贺港要塞部队，佐世保港要塞部队均处一级战备状态；驻朝鲜省第二陆军师、第十二辎重师、第四十一海岸警备旅、第四十二海岸警备旅、仁川港要塞部队、元山港要塞部队及驻高丽省第三陆军师、第十辎重师、第四十三海岸警备旅、岘港要塞部队一级战备；驻琉球第四十四海岸警备旅步兵第一团、琉球与那国港要塞部队及驻台湾第四十四海岸警备旅部直属部队、炮团、辎重团、步兵第二团等部队、台湾基隆港海军要塞部队，驻香港第四十四海岸警备旅步兵第三团、香港昂船洲港要塞部队一级战备；第四陆军师、第十四陆军师、第十五陆军师、第八独立骑兵旅、第一独立炮兵旅、第二独立炮兵旅、第三独立炮兵旅及第十三辎重师、第十四辎重师、第十五辎重师、第十六辎重师、第十七辎重师、第十八辎重师、第十九辎重师、第二十辎重师集结于广州，准备支援出海作战；第十六陆军师、第二十陆军师、第二十八陆军师、第二十九陆军师、第二十一辎重师、第二十二辎重师、第二十三辎重师、第二十四辎重师，第二十五辎重师、第二十六辎重师、第二十七辎重师、第二十八辎重师、第二十九辎重师、第三十辎重师组成中亚军集结于新疆喀什，抽调人员组建中亚军部，以总参谋部副总参谋长袁世凯为军长，攻取阿富汗，夺取中亚地区；剩余十二个辎重师分布于在全国各地载运军用物资保障前线；内河部队全力配合陆军部队行动；外交部在大沽口战役打响后向八国宣战、驱赶八国使领馆人员、接回中国驻八国使领馆人员；派出军纪督查人员，严肃军纪，严禁在占领国或地区烧、杀、枪、掠；统战院发动攻击目的地和敌军中天道教徒或起义或配合太平军的战斗。
作战命令下达后，各军司令迅速调兵遣将，准备干票大的。