1864年6月1日，洪秀全病逝，儿子洪天贵福继位，人称幼天王。1864年7月19日，随着一声巨响，天京太平门城垣被炸药炸塌二十余丈，湘军士兵嗷嗷叫着冲入天京，四处奸淫掳掠，数万军民被杀。1864年天京陷落时，李秀成因把好马让给幼天王洪天富贵，马不能行被曾国荃俘虏。天真的李秀成以为可以说服曾国藩兄弟造反，以便浑水摸鱼，结果却半路被杀，死得不明不白。1864年天京失陷后，幼天王洪天富贵费尽周折，终于找到退守安徽广德的叔叔洪仁玕。七月二十八日（8月29日），黄文金等弃守湖州至广德，连夜护送幼天王走宁国，遭敌截击，转走浙江昌化，八月五日（9月5日），黄文金在途经昌化白牛桥时，因伤而死，时年三十三岁。太平军在湖州保卫战中，共打死打伤故人近万人。同年九月，洪仁玕在江西石城兵败被俘，自作供状为自己和太平天国运动辩护，并求速死。于1864年11月在江西南昌被凌迟处死。江西境内，清军席宝田部发现了洪天贵福的行踪，双方一场混战之下，太平军被击溃，洪天贵福与随从走散，一人沦落于石城荒山之中，慌不择路的他因饥饿居然跑去清军大营要吃的，清军听他口音不是当地人，大为怀疑，这时清军中投降的太平军士兵有人认出了他，他就此被擒，1864年11月18日，江西巡抚沈葆桢将洪天贵福凌迟处死。1864年天京失陷后，太平天国领导班子几乎全军覆没，侍王李世贤成为了太平天国最后的旗帜，转战浙江、福建、江西各地，给予满清王朝沉重打击。
1859年（咸丰九年）10月韦俊在池州（今贵池）投降湘军，旋被曾国藩派往攻芜湖，古隆贤即与刘官芳、赖文鸿等反戈讨伐，并得杨辅清之助，夺回池州，次年1月，与刘官芳等占南陵，后参与摧毁清军江南大营之役。1862年（清同治元年）春封为奉王，次年3月进逼祁门，旋攻休宁，再攻泾县，占黟县，逼徽州（今歙县），复退回。10月底，献石埭、太平、旌太平、旌德3县投降湘军得清廷赏赐游击虚衔。挑留原部数千人，按湘军军营制编立营哨，交古隆贤管带，余众由曾国藩筹资遣散，各回原籍。1863年（同治二年）古隆贤解甲归乡自广西携家眷想回到老鸦村，魏宣武急派当地天道教徒与其接洽，并与古大力、王文德联名书信，派探子营得力之人密交古隆贤。时清廷也侦知古隆贤为古大力之叔，广西巡抚李福泰差人查拿古隆贤，有衙门里天道教徒密信古隆贤。古隆贤原本想做一寓公终老此身，见此不可得，即与家眷改扮成杂耍班在广西天道教徒掩护下辗转来到开封。魏宣武大喜，带着又有身孕的谢云姑、三岁儿子魏家华及王文德夫妇前往探视，又购一处宅院与古隆贤一家居住，为古家人都安排了工作。古隆贤大受感动，后了解了天道教，又见天道教领导下的太平天国一片兴旺发达的气象，就决定加入了天道教，魏宣武将其送入教导营学习。
1864年，太平天国到了最危急的时刻，杨辅清奉命努力协防天京，他在江南奋力开拓，在江浙一带屡破清军，并和堵王黄文金奋力守卫天国最后的据点——浙江湖州，虽然，此孤城已无法再守。尽管有这么多忠臣义士的努力，但无奈大势已去，天国最终还是崩溃了，1864年6月天京失守。此时的但杨辅清依旧没有放弃，他剃发易服后逃到上海，后又辗转赶到了澳门，听闻魏宣武的太平军还在坚持，后又潜回内地，来到开封。魏宣武接见了杨辅清，但是杨辅清对拜上帝教已到痴迷程度，不但自己早晚颂唱，还试图让魏宣武接受拜上帝教。魏宣武为其购一小院居住，送其入教导营，又用天道教义与其辩论，指出了洪杨拜上帝教的荒谬之处。杨辅清渐渐也认识到了拜上帝教对当时中华宗教的发展和传统文化的传承有着非常大的消极影响，认识到了洪杨的太平天国没有非常开阔的眼光，没有非常前沿的政策，更没有非常开明的政策，一直都没有摆脱中央集权统治的落后思想，后期的太平天国内部混乱，各个天王之间勾心斗角，连天王洪秀全也没有了刚刚起义时的热血，洪杨统治下的新贵们比清廷还腐化堕落，洪杨统治下的百姓生活甚至还不如清廷统治下水平，所以洪杨的失败是必然的。认识到了这些，杨辅清也入了天道教，对天道教开始了如饥似渴的学习。
1864年9月，湖州保卫战失败后，掩护黄文金、洪仁轩、幼天王出逃的赖文鸿不幸被流弹击中，重伤晕倒，后被当地百姓所救，伤好后一路乞讨来到开封，被魏宣武送入教导营。
从湖州出走后，黄文金、吉庆元与洪仁玕商议，打算去湖北找陈得才，然后一起去关中发展，东山再起。可惜，黄文金中途病逝。夜宿杨家牌时，吉庆元建议设防，挖掘壕沟，构筑土墙，防止清军突袭。洪仁玕打算次日就走，不想浪费精力去修筑工事，连基本的警戒都没有，被席宝田袭击。夜晚被偷袭，太平军阵脚大乱，洪仁玕成为俘虏，幼天王不久也被擒拿，吉庆元却突出重围，一路来到开封投了魏宣武，进入了教导营。
另外，太平天国诸匠营和百工衙许多人都来开封投了魏宣武，魏宣武均先送教导营，然后把其中造船能手许斌升送徐寿做助手，木匠宾福寿、铁匠陈郭良均被任命为周口造船厂木班长、铁班长，炼硝高手林锡保徒弟饶平定则被任命为清丰县硝石厂帮办。
洪秀全，从一个理想化的农民革命领袖，到一个剥削阶级的新贵，最终为中华大众所不容，他和他那荒谬的拜上帝教连同他腐朽颓废的生活，一同埋葬在了历史的洪流中，天道教的太平天国，从此展开了新的篇章。