但是，华夏代表团的所有人都知道，证据的缺乏将会严重影响到华夏代表团在远东国际军事法庭上对自己国家权益的争取，并且，由于审判由美丽国进行主导，法庭采用的是英美法系而非华夏大陆法系。
受法律体系的影响，远东国际军事法庭上的证据规则将采取“法定证据主义”，也就是证据的提出是否合法，以及证据本身有无凭信力，由双方进行辩论，然后法官再来认定证据是否有凭信力。
这意味着，负责审判的法官如果认为控方提出的证据不合法或证据本身无可凭信，是可以当庭拒收的。
可即便是面对如此的窘境，华夏代表团的每一个人都依然没有放弃，从一九四六年起，华夏代表团的组员开始往来穿梭于日本和华夏之间，收集证据并，并且华夏国内的很多法学专家和热血青年都热情的给华夏代表团提供各种帮助。
随着帮忙寻找证据的人员不断的壮大，寻找日军在华夏犯下的罪行证据的工作也开始取得了成果。
为了搜查日军在华夏犯下罪行的铁证，华夏代表团组员去到之前的日军占领区内艰辛的寻找人证和物证，此外，日本本土也成为了华夏代表团寻找日军罪行证据的重要阵地
华夏政府代表团法官梅汝璈与华夏政府总检察长联系后，向盟军总部要求开放已经被盟军封存的日本陆军内部机密档案，然后，华夏政府代表团的人员冒着酷暑，在日本内阁和陆军省的档案库中，日复一日挥汗如雨的寻找日本战犯在华夏犯下罪行的蛛丝马迹。
然后，华夏代表团中的翻译人员的主要工作，还需要将大量的书面证据进行语言转化，把这些证据翻译成英文，这样才能在远东国际军事法庭上进行呈示。
向哲浚、高文彬等人夜以继日地翻译、摘抄、整理资料证据。经过9个月的艰苦努力，终于收集到了足够证明各战犯罪行的确凿证据。
随着华夏代表团手中掌握的证据愈发充足，华夏代表团中的检察官和法官们在心里也渐渐有了些底气，经过华夏政府代表团首席法官梅汝璈的据理力争，远东国际军事法庭将对日本战犯的起诉起始日，提前到了东北张大帅的“皇姑屯事件”事发日，一九二八年六月四日这一天。
此外，华夏政府代表团为提供甲级战犯名单也是作出了很大贡献，远东国际军事法庭成立后，华夏政府代表团第一批提出的日军战犯有十八名，其中就有九名战犯被远东国际军事法庭列入了甲级战犯名单中。
一九四六年五月三日，远东国际军事法庭开庭，法庭执行官宣读起诉书，诉因分为反和平罪，和平时期杀人罪、共同谋议杀人罪，普通战争罪、反人道罪三大类。检、辩双方就法庭管辖权问题进行辩论。最终法庭驳回辩护方关于管辖权所有异议。
一九四六年六月四日，远东国际军事法庭进入到检方主张立证的阶段，六月十八日，远东国际军事法庭担任首席检察官的美丽国检察官季南宣布不追究日本天皇的战争责任，七月一日开始，远东国际军事法庭上，做为检方的华夏政府代表团展开了与日本在华夏发动战争有关的多项事件的指控。
华夏政府代表团的这些指控涉及“满洲事变至奉天柳条沟事件的情况”、“卢沟桥事件及其之前的形势”、“与华夏相关的暴行（普通战争罪）与鸦片输入”、“满洲建国事情”等事件。
此外还包括“日本虐待战俘”、“日本侵略法属印度支那地区”、“日本对苏联远东地区的野心”、“日美交涉”、“大东亚——太平洋战争开战”、“在缅甸及泰国的暴行”、“日荷交涉·对荷属东印度的破坏行动”、“日本在菲律宾的暴行”、“日本在太平洋诸岛的暴行”、“日本在本国的暴行”等事件。
一九四七年二月二十四日，远东国际军事法庭上，进入到辩方反证阶段，辩方就“日本的外交协定”、“不存在共同谋议”、“满洲·满洲国相关”、“奉天柳条沟事件”、“日本占领南京及其和平努力”、“苏维埃联邦相关”、“诺门坎事件”、“太平洋战争”、“战俘及民间被捕人士的处境”等事件提交书证，并由证人出庭作证。
一九四七年九月十日，辩方反证“个人辩护”开庭审理，其中包括对华夏恶行累累的被告人土肥原贤二与板垣征四郎的辩护，一九四八年一月十二日，辩方反证结束。
紧接着是“检方反驳立证”，远东国际军事法庭就受理检方反驳立证阶段的书证进行讨论，庭长最终裁定证据受理与否根据具体的证据来决定，华夏政府代表团检察官向哲濬及首席顾问倪征燠向法庭提交了被告人板垣征四郎相关的反驳立证。
随后，审理阶段进入“辩方再度反驳立证”。辩方针对检方对各被告人的反驳立证再度提交书证。
审理的最终阶段是“检方最终总结陈词”，细目包括“开庭陈述”、“对和平之罪”、“普通战争罪·对人道之罪”，以及“辩方最终辩护”。
至此，一九四八年四月十六日，远东国际军事法庭宣布休庭。
一九四八年十一月四日，远东国际军事法庭庭长宣读了远东国际军事法庭判决书英文版本，然后再由几名日本人宣读判决书的日文版本，这一共花了七天时间。
判决书包括判决A部：判决理由，也就是法律的适用，判决b部：判决理由依据的事实，判决c部：被告人的有罪认定及其判刑，也就是判决书的主体。
一九四六年四月二十九日，远东国际军事法庭对东条英机、土肥原贤二、松井石根、板垣征四郎等二十八名日本甲级战犯正式起诉。