真实世界里，傻妞像是感受到了什么，突然闭上眼睛，过了一会儿对着身旁的高明说道：“尼奥体内的程序已经开始启动了。现在已经回到了第二层世界。”
“那史密斯呢？”
“主体史密斯的代码已经完全断裂，矩阵的监控代码已经剃除，他已经成为病毒了。而由史密斯伪装的墨菲斯正在前往第二层世界的锡安。”
傻妞投影出一段视屏来，上面正是史密斯在第一次杀死尼奥后，尼奥觉醒并反杀的画面，而原本可以打的势均力敌的史密斯，也被尼奥一下秒杀。
但在尼奥离开之后，倒在地上的史密斯又站起身来，茫然的看了会儿周围的世界，然后像是想到什么，离开了。
史密斯的作用已经达到了。高明看完这段，站起身来，拍了拍衣服说道：“那地球上的矩阵找的怎么样了？”
“已经找到所有的服务器，矩阵母体所在服务器也已经确认。”
现实世界的矩阵并没有隐藏自己的意思，所有的服务器和生产基地，还有发电机大都存放在地表，仅有几个在地下的，也没有做屏蔽措施。
不过也是，这个世界只有矩阵可以自由活动了，还耗费功夫隐藏自己做什么。这给高明提供了很大的帮助。
“再进行确认史密斯的状态，确认史密斯没有被监视的话，就将他初始化，然后你去伪装成他。”
画面中的史密斯一愣，一道数据流过，虽然模样没有变化，但露出了一个高明十分熟悉的笑容，还对着屏幕比着耶。
“明哥，已经确认过了，不过第三层虚拟空间好像被隔绝了。”
“什么意思？”
“矩阵母体已经将第三层空间锁定，除了几个特定的地方可连通矩阵母体和第二层空间，其他地区已经被封锁，矩阵似乎要重启第三层空间。”
傻妞又具现出一个虚拟的地球，然后一个巨大的网将其笼罩住，只有在先知和梅罗纹加那边有着零星几个空洞。
“没事，有尼奥在，重启不了，准备进入第二层空间吧。”高明也不在意，矩阵是不可能轻易重启第三层空间的。
矩阵的目的是获得人类的感情，现在计划已经进行的很完美，区区一个第三空间，并不会造成阻碍，反而可以更好的成为激发尼奥感情，收集数据的存在。
这一切都在矩阵母体的计算之内，救世主是人类与程序的合体，但他的立场毕竟是维护人类，对抗机器，因此母体完全就可以用“毁灭全人类”来要挟救世主。
这就是救世主的悲剧宿命。
而且高明的目的，是配合着史密斯的能力，让史密斯将其全部占领，然后让矩阵母体强制清除这两个空间，再配合着梅罗纹加他们们，强占第一空间，一举夺下矩阵的控制权。
“等等明哥。”傻妞拉住高明，抬手又投影出一个光屏，“我在现实世界里找到了锡安。”
“什么？”
高明表现的有些惊讶，因为高明一直认为锡安只是矩阵做出来的虚拟空间，毕竟高明来到这个世界之后，也没有看到电影里出现的飞船。
而是直接看到了被放在罐子当做电池的尼奥，还有在电影里出现的角色。
不过既然傻妞都这么说了，高明也不会一直坚持着自己的想法，跟着去看看就知道了。
“卧槽！还真是！”
随着傻妞的指引，高明很快的来到了一处山谷，站在山头上眺望，一座机械的城市映入眼帘，高明用神识探查着，密密麻麻的人生活在这里面。
“傻妞，这是怎么回事。”
“明哥，这确实是锡安，但也是矩阵。”傻妞投影出锡安的结构图，“锡安的主机虽然是用着区域网，但是却直接链接着矩阵母体，不依靠无线发送消息，我也是检查设备的时候才发现的。”
“而且，明哥你看周围的环境。”
傻妞将锡安的图像缩小，放大周围的地图，指着逐渐飞来的飞船，“这就是尼奥他们乘坐的飞船。”
“等等，尼奥在这里的话，那之前看到的那个又是谁？”
高明的神识扩散，马上注意到了数公里外的飞船，还有坐在里面的尼奥，然后又将神识延伸到之前发现尼奥电池的地方，里面的尼奥依旧好好躺在里面。
“这是一个克隆体，里面的所有人都是克隆体，这个范围，才是真正的第二层空间。”
傻妞的地图再次缩小，以锡安为圆心圈出了一个圆，高明也看到了熟悉的地方，那正是之前发现的，矩阵母体的服务器所在。
“这是最真实的假象。”傻妞解释道，“确实存在着一个虚拟的锡安，但也存在着一个真实的锡安。”
傻妞指了指刚刚高明探测到的地方，“这些就是生活在虚拟锡安里的人类，真实锡安里都是些克隆人，这些克隆人所感受到的，都会传送到第二层空间里。”
因为都是自己的克隆人，克隆人做出的事情都会反馈到虚拟世界中，所以他们并不会怀疑世界的真实性。
再加上矩阵的母体就在旁边，强大的运算能力完全可以保障不会出现半点差错，完美的将现实锡安复制到虚拟锡安里面。
“只有尼奥不一样，尼奥是生活在这个世界，而且是半机械半生物状态，所以他在现实中可以链接到矩阵母体。”
“那虚拟世界中的尼奥呢？”
“虚拟世界中的尼奥是矩阵操控的，根据尼奥在现实中的反应反馈到矩阵上。”
尼奥是救世主，拥有着人类的灵魂和程序的能力，如果也像其他人一样复制到克隆体身上的话，很容易就会被发现，所以在第二层空间里的尼奥，只是一个被矩阵母体操控的木偶。
在傻妞的解释下，高明也明白了，不过也愈发可怜起这个世界的人类了，明明渴望自由，但这所有的一切都是被操控的。
什么都是假的，第三世界是假的，锡安是假的，救世主是假的，就连他们的身体也是假的。