周显得到史可法的来信后，看到李岩这边也无出兵的迹象，便集结大军，想要一举将李定国驱逐到山东之外。但大军刚开始行动，便听闻了史可法在扬州惨败的消息，顿时气的差点吐血。士卒数量数倍于隆武军，却遭遇如此的惨败，这已经不能用无能来表达了。
但失望的同时，周显也一下子看清了形势。以后除了自己手下的士卒，还真不能太指望其他的明军。
在扬州之战中，韩括的主要任务是协助大军运送兵卒过江。有近十艘船只被毁，损失了近五百士卒，刚刚初具规模船队遭受了自兴建以来的最大损失。为此，周显将刚从登莱船厂建成的八艘海船交给他。同时下令除留下部分人马掩护在海门的陈子龙外，船队尽数迁移到崇明岛。
并且，在南粮无法北运，山东境况严重的情况下。周显让韩括自动支配商队的半数资金，用以在苏、浙一代招兵。但此举施行了一段时间后，主要的募兵方式由募兵便完变了，而促使这种改变的是张名振。
嘉靖年代，倭寇海盗横行。后有一代名将戚继光横空出世，彻底平定了倭寇之乱。但限于明朝的政策是守海疆，并没有进行出海远征，导致这些海盗最终是平而不灭。所以，在明末才会出现郑芝龙、刘香这样的大海盗。
自郑芝龙归附朝廷，并站在官军这边击灭刘香之后，在大明沿海便再无什么大海盗，但各种小股海盗却多如牛毛。郑芝龙镇守福建，基本上将当地的所有海盗收入自己麾下。即使不愿直接归顺的，基本上也和他保持着一定的联系。所以，福建周边海域都完在郑芝龙的控制之下。
但郑芝龙终究是个商人，虽然归附了大明，但一直想的是如何赚取更多的财富。在明面上，他是福建总兵，打击南海周边的海盗。但暗自里，他利用手中的船队走私贸易，还收拢一些海盗为己所用。而除归他统御的福建周边沿海外，他对其他地域的海盗完视而不见。而且有的时候还采取默许，甚至是私下支持。
明末虽然禁止海贸，但是私下的走私贸易却异常繁荣。最兴盛的地方除了郑芝龙所掌控的福建，还有广州和大明经济最发达的苏浙地区，大量商人、乡绅，甚至是当地的某些官员都组织人力参与这样的事情。
同时，大明兼并土地严重。很多失去田地的佃农及庄户看到那么多船队出海，为了活命，便冒险从事海盗这种无本的生意。他们截杀船队，走私货物，有时还突袭沿海的村庄，成为新兴的海盗。但不同于郑芝龙，他们人虽然多，但组织混乱，没有一个领头的。彼此之间也争斗不休，为了一点点利益大大出手。
他们这样做，不仅直接打击了民间的走私贸易，还让沿海的百姓和渔民遭难。很多沿海渔村一个月内都被洗劫好几次，而出海打渔的渔民往往是有去无回。在最严重的浙江海域，舟山群岛和一江山群岛上有名字的小岛基本上都被海盗占据。
在这个时候，张名振升迁为台州石浦游击将军。不同于其他明将的混吃等死，张名振胸有大志，一直想做出一番成就。他上任之后，利用手中不到千人的队伍屡屡打击海盗，使他们不敢再在台州上岸。但这点满足不了他，他便上书舟山总兵黄斌卿，请求与他一起出兵彻底平定东海海寇。
黄斌卿以军功晋升舟山总兵，手下有兵近七千，船数百艘，为人跋扈。对于张名振的建议，他想都没想便直接加以拒绝，而且在回信中也多是轻视之言。实际上，他并非对张名振个人有什么意见。只是朝廷已经停饷一年，为了维持他手下的军队。他不仅参与走私，有时候还将手下士卒假扮成海盗做些无本的生意。而且靠着他手下的船队和士卒，他也不断出兵打击那些不听话的海盗，斩杀一些冒头的。
那些海盗当然不敢抢掠他的船只，而且大部分还每个月给他奉上一大笔钱来确保自己的安。而现在，除了一些小股海盗，基本上都降服了他，是他收入的主要来源。张名振此举就等于彻底断了他的财源，他当然不乐意。
但黄斌卿不知道的是，张名振除了游击将军这个身份外，还是南京世袭的锦衣卫。这个身份具有很多好处，但最主要的有两点。一个是身份虽低，但直通天廷。另一个是只要他想整治一个人，从来不用担心找不到有关的黑料。何况，黄斌卿本身就有大量黑料。
张名振利用自己的锦衣卫身份，轻松收集了黄斌卿勾结海盗参与走私、劫掠船只、杀害百姓的罪证，并把这些上报到了南京。但此时，孙可望占据扬州，时时威胁南京。而黄斌卿所率人马虽然不多，但他的驻地舟山却在远离陆地的海岛上。南京方面即使有心，也没有实力却剿灭黄斌卿，推脱等击败了孙可望再说，
扬州败仗，南京那边彻底没了指望，张名振便拿着相机问罪黄斌卿的密令找到了韩括，让他率船队出海击灭黄斌卿并剿灭海盗。
这时候，在扬州，官军大败，刘文秀在南彻底失了牵制。而驻兵于江北海门县内的陈子龙独木难支，只能率部撤离海门，乘船随韩括前往崇明岛。崇明岛是冲击平原形成，在明末远没有那么大，而陈子龙又想将所有向明的江北百姓迁移走，正发愁着呢！在听了张名振的建议之后，他极力说服韩括出兵。
韩括不能做主，写信给周显。周显同意他出兵，并让他尽力收降黄斌卿手下的士卒以及那些海盗。
张名振从海门县撤回来的士卒，韩括的船队，还有张名振手中的卫所兵，三者合在一起，已不下万人。三人和议之后，以韩括船员为主，从中挑选了会水、不晕船的士卒四千，在台州渔民的带领下趁着夜黑浪高，偷偷登岛。