周显最近很忙，虽然将刘泽清驱逐到了运河之西，但近十万大军崩散而逃。他们无法逃过河去和刘泽清会和，便只能散于济南府内的诸县。
比较好的，他们在自己领将的率领下，向南或者向西逃。南面是李定国，西边是李岩，不愿归降周显的他们逃向那里向两人投降。而其他的，情况则要惨上很多。为了活下去，没有约束的他们或上千人，或几百人，乃至十几人，几个人合在一起，四处洗劫村庄，抢夺金银和吃的。
本来已经深受兵灾之乱的济南府百姓，再一次遭受了一次灭顶之灾，不少村庄被屠杀的一个不剩。但哪里有欺压，哪里就有反抗。无数百姓在本地乡绅的组织下也自主的汇聚在一起，他们拿起锄头、棍子抵抗这些乱兵。不少逃脱官军追杀的叛军士卒没死在战场上，反而被普通百姓乱棍打死。
周显占据济南城后，却没有立即派兵去清剿这些逃散的叛军士卒，而是下令全军休整。直到后来，俞百易率领新招募的万余新兵到达，周显才从勇字营挑出了两个千人队。每一百个老卒，配上六百新兵，再加上选出的三百叛军俘虏，前去接收周边诸县，并积极出击，到处清剿这些乱兵。
而剩余的兵卒，除了白翥率领近四千士卒驻扎在德州外，剩余的都集中于济南城中。即使后来贺锦出兵占据了曲阜，在泗水对岸设立防线，周显依旧没有出兵。只是让孙轩率领千余骑兵和仁字营的两个千人队返回泰安，增援谈时迈，帮助他稳住局面。
之所以如此，是因为周显还忙着整肃济南城的诸多事情。
在夺取济南城的第二天天明，周显下令全城搜索还未出来投降的叛军将士。一日间，便搜出来了近两千人，全部被他下令斩首在西门口。一时间人头滚滚，彻底震慑了城中的百官和乡绅。本来还混不在意的他们顿时慌了，连忙通过各种关系联系周显，送钱送粮，只愿讨得一命。
看着这些人滑稽的表演，周显没有过多理会，只是下令照单全收。而另一方面，他利用现有的资源从俘虏中挑选精壮士卒，并将他们打散后编入自军。而之前和刘泽清交战俘获的两千余匹军马被周显交给了武志英，让他从全军挑出两千会骑马的加以训练。
在政务方面。以前，刘泽清为了加强控制，将大部分官吏都放置在济南城中。而周显在拜访了谢升之后，听取了他的建议。
首先归顺刘泽清的诸多官吏，和跟随刘泽清反叛的军中将领一起被押解到京师，家产全部没收。受刘泽清挟持而被迫归降者，依罪而定，大部分任从轻处罚，按照他们的官职降一级或两级继续录用。而对于那些拒不归顺，被刘泽清斩杀或者免官者，抚恤其亲属，或重用其本人。
只不过在实施过程中，周显没有完全依照他们是否从贼这种简单的标准进行处罚，而主要看他们本身的才能。对于一些实干的人，周显一般不动他们的官职。而对于一些腐儒，大部分时候是被周显一罢到底。
在高名衡到达济南之前，周显已经任命八成以上的州官、县吏。他虽然对周显这样的恣意行事有所不满，但也无可奈可。毕竟，军权完全掌握在周显手中，而且刘泽清之乱还未完全被平定。
朱以海来到济南，正式接任鲁王。而周显在接见诸王的时候，当众宣告朱以海宣布平叛成功后将济宁原属于鲁藩的资产全部献给朝廷用于安抚灾民。德王也紧跟着宣布，愿意拿出济南周边的二十万亩良田。而衡王，则顺水推舟，将在临沂已经被周显分给灾民的良田正式交付给周显。有了他们的领头，其他乡绅官员也纷纷出来表示，此举大大缓解了周显的压力。
而这之后，济南城中也迅速安定了下来。毕竟他们以为周显想要的就是一些金财，只要出了钱，这次就能安然过去。而周显也乐见这样的情况，短时间内也不准备再大肆改变什么。毕竟，贺锦的举动令他有点疑惑。
这一日，周显召集众将议事。
俞百易首先站起来道：“督帅，从俘虏中挑出了大约五千人，又招募了万余新兵，共计一万六千人。他们的训练都在进行中，是否还要继续招募？”
周显点了点头，“继续招募，至少要将新兵的数量增加到三万人。”
俞百易皱眉微蹙道：“督帅，虽然我们占据了青州、济南两府，但民心未附。最近招募来的新卒有六成以上还是来自登莱二州，再这样下去，那二州的青壮恐怕减缩殆尽了。”
周显道：“这个我知道。从今以后，在两州暂停招兵，将重点放在济南、青州。慢点没有关系，但总征兵人数不变。”
说着，周显转头向李开道：“李开，以前有太多士卒编入勇字营。即使去除白总兵带到德州的近四千人，你手中还有近八千人。你挑出五个千人队，继续保留勇字营的营名。其他的用老兵、新兵混合的方式，给我再建三营。新营的规模要小一点，每个保留三个千人队，以及一百哨骑。武器、装备等军需，你找俞百易拿。这四营人马都归你统一指挥，具体的将领任命，你给我拿出一个名单。要尽快让他妈步入正轨。”
李开站起来道：“属下明白。”
俞百易道：“督帅，现在的辎重都是从莱州运来。路途遥远，而且山路难行。目前军中一时恐怕拿不出那么多东西。”
周显道：“这正是我想和你商议的。从莱州到淄博这一段路多山，也是最难行的。现在俘虏了那么多叛军，还有数不清的灾民没法过活。我们何不利用这些劳力，修一条道路，从莱州直达淄博。如果真修好了，对我们将来掌控所占的地方将会有无穷的益处。”